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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】程序失败MPI_Allreduce: malloc failed: See malloc(3C) for details
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astrolia

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1楼 2010-11-20 12:15:04
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souledge

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sunyang1988(金币+2):谢谢交流 2010-11-21 14:12:42
malloc不是一般用来开辟内存空间的函数么……如果不是内存不足或者虚拟内存不足，就可能是MPI的进程间通信出了问题，尝试减少一个核心来运算呢？或者改用内存优先的方法计算呢？
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2楼2010-11-21 13:08:31
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astrolia

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3楼2010-11-22 09:44:36
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4楼2010-11-22 09:46:38
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souledge

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zzy870720z(金币+2):谢谢指教 2010-11-23 14:23:59
引用回帖:
Originally posted by astrolia at 2010-11-22 09:46:38:

不过减少一个核运算，会影响速度吧，如果所计算的规模很大，或者会不会无法运算呢？

不太习惯回复短消息，直接论坛里回复吧：
引用回帖:
你好，我的配置是4核3G的CPU和4G内存，后来因为castep计算的模型加大，内存总是掉下来，根本跑不动，于是就加了2G内存，可是貌似系统只认到4G，但是加了之后倒是可以跑，跑了一半就会出现malloc failed错误。这样的配置，如果减少核或者内存优先可以尝试么？谢谢

首先，对于使用多核计算，有个很大的好处，那就是Materials Studio是32-bit的程序，而每个32-bit的程序最多只能使用4GB内存。用MPI时，每个MPI都是一个独立的进程。
第二，虽然每个进程都最多可使用4G内存，但是必须要在操作系统的管理下，如果系统是32-bit的，这个问题就不好说了。所以更换到64-bit系统或者服务器版的系统也许会好些。
我咋感觉这不是在讨论FP，而是在讨论计算机啊……
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5楼2010-11-23 13:16:24
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jz1043

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ym23(金币+1):谢谢帮助 2010-11-23 20:08:12
引用回帖:
Originally posted by astrolia at 2010-11-20 12:15:04:
C:\PROGRA~1\Accelrys\MATERI~1.3\etc\Gateway\..\..\bin\castepexe_mpi.exe: Rank 0:0: MPI_Allreduce: malloc failed: See malloc(3C) for details
MPI Application rank 0 exited before MPI_Finalize() with ...

问下以前运行会不会出现这种问题？

我以前也碰到过这种情况，当时是Redhat+hpmpi，安装hpmpi的时候老出现这种问题，之后换成CentOS 5.4就没有这种问题了。
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6楼2010-11-23 13:28:17
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astrolia

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7楼2010-11-23 16:25:09
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astrolia

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8楼2010-11-23 16:28:13
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jz1043

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sunyang1988(金币+3):谢谢交流 2010-11-23 23:40:58
引用回帖:
Originally posted by astrolia at 2010-11-23 16:25:09:

有过MPI问题使得优化终止，但是具体是不是malloc问题就忘了。不过可以在终止优化的模型的基础上再进行优化，也是可以最终优化成功的。
不过Redhat+hpmpi和CentOS 5.4这两个是什么东西呢，我不明白？这种东西可 ...

看了你报错信息，你的系统是windows的。

我的情况是要在linux环境下安装Materials Studio，最开始的系统是红帽子的linux(Redhat Enterprise)，惠普的hpmpi，安装hpmpi是也是一直出现你那样的错误。之后换了操作系统，用的CentOS 5.4（linux）,问题就解决了。

你具体情况我也不了解，建议：
1.重新mpi软件
2.重新安装操作系统，和mpi，其他能不装的软件尽量不装。
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9楼2010-11-23 23:35:41
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astrolia

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10楼2010-11-24 10:42:56
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