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xiaowandouer

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】vasp编译时,报错:cannot find -lmkl_em64t 已有5人参与

vasp编译时报错:
-L../vasp.4.lib -ldmy ../vasp.4.lib/linpack_double.o -lmkl_lapack  -L/opt/intel/mkl/10.2.5.035/lib/em64t -lmkl_em64t -lguide -lpthread
ld: cannot find -lmkl_em64t
make: *** [vasp] Error 1

请教:这个问题如何解决?

数学库用的mkl 10.2.5.035,编译器Fortran 11.1,MPICH2

安装是参考了之前的帖子:
1.手把手vasp64位并行装机全套软件已测试,另外本人并行编译的makefile也给出
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1539206


2. 【讨论】VASP编译方法以及错误汇总  
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1354235&fpage=0&view=&highlight=&page=1

基本均是按照这两个帖子设置的参数. 另外,根据abcasi的提示,我发现/opt/intel/mkl/10.2.5.035/lib/em64t 下面根本没有-lmkl_em64t


这是/opt/intel/mkl/10.2.5.035/lib/em64t 下面的所有文件:
libfftw3xf_intel.a              libmkl_intel_lp64.so
libguide.a                      libmkl_intel_sp2dp.a
libguide.so                     libmkl_intel_sp2dp.so
libiomp5.a                      libmkl_intel_thread.a
libiomp5.so                     libmkl_intel_thread.so
libmkl_avx.so                   libmkl_lapack95_ilp64.a
libmkl_blacs_ilp64.a            libmkl_lapack95_lp64.a
libmkl_blacs_intelmpi_ilp64.a   libmkl_lapack.so
libmkl_blacs_intelmpi_ilp64.so  libmkl_mc3.so
libmkl_blacs_intelmpi_lp64.a    libmkl_mc.so
libmkl_blacs_intelmpi_lp64.so   libmkl_p4n.so
libmkl_blacs_lp64.a             libmkl_pgi_thread.a
libmkl_blacs_openmpi_ilp64.a    libmkl_pgi_thread.so
libmkl_blacs_openmpi_lp64.a     libmkl_scalapack_ilp64.a
libmkl_blacs_sgimpt_ilp64.a     libmkl_scalapack_ilp64.so
libmkl_blacs_sgimpt_lp64.a      libmkl_scalapack_lp64.a
libmkl_blas95_ilp64.a           libmkl_scalapack_lp64.so
libmkl_blas95_lp64.a            libmkl_sequential.a
libmkl_cdft_core.a              libmkl_sequential.so
libmkl_core.a                   libmkl_solver_ilp64.a
libmkl_core.so                  libmkl_solver_ilp64_sequential.a
libmkl_def.so                   libmkl_solver_lp64.a
libmkl_gf_ilp64.a               libmkl_solver_lp64_sequential.a
libmkl_gf_ilp64.so              libmkl_vml_avx.so
libmkl_gf_lp64.a                libmkl_vml_def.so
libmkl_gf_lp64.so               libmkl_vml_mc2.so
libmkl_gnu_thread.a             libmkl_vml_mc3.so
libmkl_gnu_thread.so            libmkl_vml_mc.so
libmkl_intel_ilp64.a            libmkl_vml_p4n.so
libmkl_intel_ilp64.so           locale
libmkl_intel_lp64.a

麻烦高手指点,谢啦!
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lono75

铁杆木虫 (著名写手)

xiaowandouer(金币+1):O(∩_∩)O谢谢回复。。。。。 2010-04-28 10:42
改成 -lmkl_intel_lp64

[ Last edited by lono75 on 2010-4-27 at 23:41 ]
由天命,成人事!
2楼2010-04-27 22:11:01
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zzy870720z

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xiaowandouer(金币+4):非常感谢!按你说的修改方法编译成功,只是现在并行有问题。 2010-04-28 10:43
gavinliu7390(金币+1):谢谢交流! 2010-04-28 10:57
-L/opt/intel/mkl/10.2.5.035/lib/em64t -lmkl_em64t -lguide -lpthread 改成
-L/opt/intel/mkl/10.2.5.035/lib/em64t -lmkl_intel_lp64 -lguide  -lpthread -lmkl_core -lmkl_sequential试试行不行
博学、审问、慎思、明辨、笃学
3楼2010-04-27 22:33:50
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zzy870720z

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小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
把问题贴出来看看是怎么回事?
博学、审问、慎思、明辨、笃学
4楼2010-04-28 10:46:23
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xiaowandouer

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by zzy870720z at 2010-04-28 10:46:23:
把问题贴出来看看是怎么回事?

串行没有问题,并行的时候报错如下:
vasp: error while loading shared libraries: libmkl_lapack.so: cannot open shared object file: No such file or directory
problem with execution of vasp  on  node8:  [Errno 2] No such file or directory
problem with execution of vasp  on  node7:  [Errno 2] No such file or directory
problem with execution of vasp  on  node9:  [Errno 2] No such file or directory

不知道是不是因为Makefile里面的lapack有问题?
修改Makefile的时候,只是把注释的#给去掉了。
恳请指点,多谢!
5楼2010-04-28 11:31:18
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zzy870720z

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小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
串行在各个节点上都没有问题吗?你的每个节点都安装了mkl没有?
博学、审问、慎思、明辨、笃学
6楼2010-04-28 12:20:27
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xiaowandouer

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by zzy870720z at 2010-04-28 12:20:27:
串行在各个节点上都没有问题吗?你的每个节点都安装了mkl没有?

串行只有主节点可以
在子节点上根本就不认vasp这个命令:-bash: vasp: command not found

mkl只装在了主节点上,但是含mkl的文件夹都给出去了,子节点用mount设置过了,这个有问题吗?

[ Last edited by xiaowandouer on 2010-4-28 at 16:05 ]
7楼2010-04-28 16:02:41
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zzy870720z

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小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
vasp执行的没有共享出去?应该在每台节点都能运行vasp才对
博学、审问、慎思、明辨、笃学
8楼2010-04-28 18:05:54
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chensxxy

铁杆木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
/opt/intel/Compiler/11.1/069/lib/intel64/libimf.so: warning: warning: feupdateenv is not implemented and will always fail

编译VASP最后出现这个信息。
请教一下,是什么意思?
尊崇自然,敬畏生命!
9楼2010-04-30 16:08:05
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lono75

铁杆木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
去掉 -limf
由天命,成人事!
10楼2010-04-30 17:02:02
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