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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】mpi vasp问题
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sxjsn1

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】mpi vasp问题

我用openmpi在一台机子上装好vasp了 能并行运行 在我机子上用同样的方法却运行出错
[laoshan.daoren:30001] *** An error occurred in MPI_Comm_rank
[laoshan.daoren:30001] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[laoshan.daoren:30001] *** MPI_ERR_COMM: invalid communicator
[laoshan.daoren:30001] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (your MPI job will now abort)
mpirun has exited due to process rank 0 with PID 30001 on
node laoshan.daoren exiting without calling "finalize". This may
have caused other processes in the application to be
terminated by signals sent by mpirun (as reported here).
--------------------------------------------------------------------------
[laoshan.daoren:30000] 1 more process has sent help message help-mpi-errors.txt / mpi_errors_are_fatal
[laoshan.daoren:30000] Set MCA parameter "orte_base_help_aggregate" to 0 to see all help / error messages
何解阿？ 急盼高人解答

[ Last edited by zzy870720z on 2010-12-8 at 22:28 ]
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1楼2010-12-07 18:25:40
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
zhang668(金币+2):多谢指教！ 2010-12-23 18:50:21
sxjsn1(金币+3): 2010-12-24 09:41:55
引用回帖:
Originally posted by sxjsn1 at 2010-12-07 18:43:28:
补充一下 编译完vasp后 出现这个警告 是不是与这个有关
/opt/intel/Compiler/11.1/073/lib/intel64/libimf.so: warning: warning: feupdateenv is not implemented and will always fail

你前面的问题与此信息无关。解决此问题：
还需要知道你是怎么并行提交你的作业的。另外你还可能需要先测试你的openmpi，看它能否正常并行运行自带的pi。还有你当前提交的作业是计算多大的体系，有可能体系过大，内存不足，那测试一个简单的小体系，看是否还存在同样的问题。
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17楼2010-12-23 18:31:21
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刘仕晨

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
试试看which mpd ，有没有路径，如果有，继续which mpich2，如何也有，OK，如果没有请安装，一般这两个在Intel的编译器的那个文件夹下面，那么试试看这个指令，mpiexec -n N（CPU数) vasp
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31楼2013-03-17 20:25:36
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普通回帖

sxjsn1

金虫 (小有名气)
补充一下 编译完vasp后 出现这个警告 是不是与这个有关
/opt/intel/Compiler/11.1/073/lib/intel64/libimf.so: warning: warning: feupdateenv is not implemented and will always fail
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2楼2010-12-07 18:43:28
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sxjsn1

金虫 (小有名气)
怎么没人回答问题呢？囧！~~~~~
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3楼2010-12-08 16:18:33
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sxjsn1

金虫 (小有名气)
自己顶一下:dnd:
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4楼2010-12-08 16:48:43
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goldenfisher

金虫 (著名写手)
★
sxjsn1(金币+3): 2010-12-08 22:18:10
zzy870720z(金币+1):谢谢提示 2010-12-08 22:28:28
ben_ladeng(专家考核): 2012-02-08 13:09:54
主题选错了，你宣称pwscf了。而你问的是vasp的问题。
貌似你的提示是某个动态库出了问题。
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5楼2010-12-08 21:44:40
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sxjsn1

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by goldenfisher at 2010-12-08 21:44:40:
主题选错了，你宣称pwscf了。而你问的是vasp的问题。
貌似你的提示是某个动态库出了问题。

是吗？ 我没注意主题
动态库？ 我以前编译没出问题啊 而且我的Makefile基本和我们工作站上的一样
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6楼2010-12-08 22:19:09
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sxjsn1

金虫 (小有名气)
呃 继续期待中
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7楼2010-12-09 10:41:48
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zsjan

金虫 (正式写手)
★
sunyang1988(金币+1):谢谢交流 2010-12-09 15:22:05
warning: warning: feupdateenv is not implemented and will always fail这个没关系的，我的就有这个但是没有问题。
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8楼2010-12-09 15:15:27
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lovemoon

铜虫 (小有名气)
★ ★
sunyang1988(金币+2):谢谢交流 2010-12-09 15:40:39
sxjsn1(金币+1): 2010-12-09 17:51:47
引用回帖:
Originally posted by sxjsn1 at 2010-12-09 10:41:48:
呃 继续期待中

解决的方法就是把系统的math libaries 加入 -limf -lm
我在安装PWscf的时候遇到同样问题
解决方法
BLAS_LIBS      = -limf -lm -L/opt/intel/mkl/10.2.6.038/lib/em64t -lmkl_em64t_not
hread
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9楼2010-12-09 15:33:50
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sxjsn1

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by lovemoon at 2010-12-09 15:33:50:

解决的方法就是把系统的math libaries 加入 -limf -lm
我在安装PWscf的时候遇到同样问题
解决方法
BLAS_LIBS      = -limf -lm -L/opt/intel/mkl/10.2.6.038/lib/em64t -lmkl_em64t_not
hread

虽然没效果 但还是谢谢你了
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10楼2010-12-09 17:52:03
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erghper

铜虫 (小有名气)
★
ellsaking(金币+1):给个金币，欢迎常来第一性原理版块~ 2010-12-21 11:11:06
你是64位的机子吗
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11楼2010-12-09 18:26:58
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sxjsn1

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by erghper at 2010-12-09 18:26:58:
你是64位的机子吗

是啊 em64的
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12楼2010-12-09 22:07:03
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sxjsn1

金虫 (小有名气)
是不是因为我的openmpi安装出错了呢？
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13楼2010-12-13 16:36:17
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bingmou

金虫 (著名写手)
★ ★
zhang668(金币+2):多谢回帖交流 2010-12-13 22:06:06
这种错误最好是从编译的log里面看看有没有出错，然后看看openmpi的编译是否出错。
VASP的makefile很难不修改就能直接编译的，因为每个机子的文件放置不同安装软件不同cpu不同
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14楼2010-12-13 21:04:20
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sxjsn1

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by bingmou at 2010-12-13 21:04:20:
这种错误最好是从编译的log里面看看有没有出错，然后看看openmpi的编译是否出错。
VASP的makefile很难不修改就能直接编译的，因为每个机子的文件放置不同安装软件不同cpu不同

呃 我编译了好多vasp了 我的机子 我们工作站上的 我师姐电脑上的 所以我确信vasp应该没错 应该是openmpi错了 郁闷啊 我在我师姐和我们工作站上面的openmpi都直接成功的
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15楼2010-12-13 21:39:31
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sxjsn1

金虫 (小有名气)
悲剧阿 谁能告诉我到底哪出错了阿
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16楼2010-12-21 10:46:17
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sxjsn1

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by valenhou001 at 2010-12-23 18:31:21:

你前面的问题与此信息无关。解决此问题：
还需要知道你是怎么并行提交你的作业的。另外你还可能需要先测试你的openmpi，看它能否正常并行运行自带的pi。还有你当前提交的作业是计算多大的体系，有可能体系过大 ...

我的机子是core2双核的 提交任务是mpirun -np 2 vasp    装上openmpi后怎么测试啊 输入哪个指令 应该不是体系的问题 我算的是最简单的例子
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18楼2010-12-24 09:21:09
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phys

木虫 (正式写手)
mpirun之前需要运行什么命令来的？忘了，谁知道
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19楼2010-12-24 09:30:22
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sxjsn1

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by valenhou001 at 2010-12-23 18:31:21:

你前面的问题与此信息无关。解决此问题：
还需要知道你是怎么并行提交你的作业的。另外你还可能需要先测试你的openmpi，看它能否正常并行运行自带的pi。还有你当前提交的作业是计算多大的体系，有可能体系过大 ...

我进入/openmpi-1.3.2/examples
输入mpirun －np 2 hello_c.c
出现下面提示
mpirun was unable to launch the specified application as it could not find an executable:

Executable: hello_c.c
Node: laoshan.daoren

while attempting to start process rank 0.
在examples文件夹里有hello_c.c啊
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20楼2010-12-24 09:41:29
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sxjsn1

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by phys at 2010-12-24 09:30:22:
mpirun之前需要运行什么命令来的？忘了，谁知道

你说的是不是mpd？
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21楼2010-12-24 09:42:25
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
zzy870720z(金币+2):谢谢指教 2010-12-24 14:13:24
sxjsn1(金币+2):好的 我先认真看看吧。。。 2010-12-24 16:14:58
ben_ladeng(专家考核): 2012-02-08 13:10:26
你可能对mpi的基本使用欠缺。

"mpirun －np 2 hello_c.c"这个是不能的。hello_c.c是源代码。mpirun只能启动的是可执行文件。因此你得先mpicc 编译hello_c.c得到它的可执行文件。

有关openmpi的基本使用方法，可参考：
http://blog.chinaunix.net/u2/60913/showart_1134515.html
http://www.huanglab.org.cn/node53.html
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22楼2010-12-24 13:12:55
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
★
zzy870720z(金币+1):谢谢指点 2010-12-24 14:13:33
引用回帖:
Originally posted by sxjsn1 at 2010-12-24 09:42:25:

你说的是不是mpd？

openmpi不需要。mpich2需要先运行mpd。
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23楼2010-12-24 13:14:21
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sxjsn1

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by valenhou001 at 2010-12-24 13:14:21:

openmpi不需要。mpich2需要先运行mpd。

[root@laoshan examples]# mpirun -np 2 hello_c
Hello, world, I am 0 of 2
Hello, world, I am 1 of 2
这样的话我的openmpi是不是编译成功了呢？
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24楼2010-12-25 10:43:50
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
★
sxjsn1(金币+5): 2010-12-25 19:49:43
sunyang1988(金币+1):谢谢交流 2010-12-25 19:58:47
ben_ladeng(专家考核): 2012-02-08 13:10:42
是的，成功了。
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25楼2010-12-25 11:51:58
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sxjsn1

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by valenhou001 at 2010-12-25 11:51:58:
是的，成功了。

我今天把Makefile文件改成串行的编译成功就能运行 改成并行的就不行 啥问题啊  愁了 mpi也没问题啊
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26楼2010-12-25 19:51:32
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shelay

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
25楼: Originally posted by valenhou001 at 2010-12-25 11:51:58:
是的，成功了。

root@localhost examples]#  mpirun -np 4  /root/Desktop/ziliao/openmpi-1.4.3/examples/hello_f90
librdmacm: couldn't read ABI version.
librdmacm: assuming: 4
CMA: unable to get RDMA device list
--------------------------------------------------------------------------
[[23253,1],0]: A high-performance Open MPI point-to-point messaging module
was unable to find any relevant network interfaces:

Module: OpenFabrics (openib)
  Host: localhost.localdomain

Another transport will be used instead, although this may result in
lower performance.
--------------------------------------------------------------------------
librdmacm: couldn't read ABI version.
librdmacm: couldn't read ABI version.
librdmacm: assuming: 4
CMA: unable to get RDMA device list
librdmacm: assuming: 4
CMA: unable to get RDMA device list
librdmacm: couldn't read ABI version.
librdmacm: assuming: 4
CMA: unable to get RDMA device list
Hello, world, I am            0  of            4
Hello, world, I am            2  of            4
Hello, world, I am            1  of            4
Hello, world, I am            3  of            4
[localhost.localdomain:21029] 3 more processes have sent help message help-mpi-btl-base.txt / btl:no-nics
[localhost.localdomain:21029] Set MCA parameter "orte_base_help_aggregate" to 0 to see all help / error messages
请问下我编译完后，测试出现上面的信息，安装成功了没啊?
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27楼2012-02-08 12:19:54
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dxf_dxf_dxf

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1953081楼: Originally posted by shelay at 2012-02-08 12:19:54:
root@localhost examples]#  mpirun -np 4  /root/Desktop/ziliao/openmpi-1.4.3/examples/hello_f90
librdmacm: couldn't read ABI version.
librdmacm: assuming: 4
CMA: unable to get RDMA device list
...

已经给出错误提示了：
“CMA: unable to get RDMA device list ”
这表示你的网络不是RDMA的。你可以换成ssm。如果你使用intel mpi，用这样一句话就可以了：
   mpirun -genv I_MPI_DEVICE ssm ...
不知道openmpi要怎么设置。当是抛砖引玉了
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28楼2012-04-23 13:04:42
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dxf_dxf_dxf

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
试一下这个 mpirun --mca btl self,tcp -hostfile $PBS_NODEFILE ./vasp
如果你使用PBS交作业（qsub）
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29楼2012-04-24 11:22:07
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songhanjie

金虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
同样的问题，请问你解决了吗？
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30楼2013-03-17 14:53:45
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tuxingchen

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
前辈您好，请问您当时如何解决这个问题的呢？我现在也遇到了这个问题，十分感谢！
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32楼2014-12-05 20:25:20
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lj29381533楼
2018-01-05 16:06   回复  
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