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jiazhuamh

铜虫 (初入文坛)

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[交流] gromacs编译安装已有8人参与

gromacs是一款优秀的分子动力学模拟软件，版本已更新至4.6.3 。版本的更新无疑会带来效率的提升，然而，新版本对系统和编译器都有着更高的要求。对于一台运行已久的老服务器，没有权限的情况下基本不可能更新系统和编译器，这时候就需要另外安装较新版本的编译器来编译安装gromacs，Intel就是一个很好的选择。下面我就自己多次的编译安装经验，叙述一下gromacs的安装过程和注意事项。
系统现状：
系统版本：Red Hat Enterprise Linux WS release 4
内核版本：Linux-2.6.9-42-X86_64
编译器：gcc-3.4.6 和 gcc-4.1.0
步骤
1. 安装新的编译器： l_ccompxe_2013.3.163 （可到Intel官网申请免费版）
安装很简单，按要求选即可，licence在申请后回复的邮件里。记得安装完后导入相关环境变量：source /安装目录/bin/compilervars.sh intel64
2. 安装并行软件包：openmpi-1.6.4 (我试了1.6.5的，在我的服务器上不好用，出现这种情况建议大家换几个版本试试）
安装前务必导入环境变量CC和CXX来指定Intel编译器：export CC=icc，export CXX=icpc，然后coufigure，make， make install。
3. 编译安装gromacs-4.6.3
   安装前务必导入环境变量CC和CXX来指定Intel编译器：export CC=icc，export CXX=icpc。由于Intel的数学库函数不全，gromacs编译过程中会用到gcc数学库中的函数，用LDFLAGS环境变量来指定：export LDFLAGS=“-limf -lm”，编译过程中Intel编译器会报warning #10315: specifying -lm before files may supercede the Intel(R) math library and affect performance，不过是说用了其他库会降低效率，可以忽略。编译安装用下面三个命令：
         cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_MPI=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/安装路径/gromacs-4.6.3
         make
         make install
注意：使用-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON选项时，编译过程中会联网下载fftw，所以要保证电脑能连接到网络，如果使用的服务器无法连接外网，需要自己先安装fftw，然后再安装gromacs。
   以上是对多次安装经历的简单总结，可能你在安装中会遇到各种不同的问题，欢迎一起交流解决。

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1楼 2013-08-08 12:29:09

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jiazhuamh

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今天又研究了下gromacs的安装说明，gromacs用的是C89的标准，icc默认的是-std=gnu99，所以应该用-DCMAKE_C_FLAGS=-std=gnu89来指定，如此编译的很顺利，不必用 export LDFLAGS=“-limf -lm”了。而且fftw可以用intel的，只需-DGMX_FFT_LIBRARY=mkl即可。