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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » ngmx指令找不到
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Leliel

铜虫 (初入文坛)

[求助] ngmx指令找不到

我是刚装好的gromacs4.6.2,最新版本，添加了bin里面的环境变量后发现其他的功能都可以使用（如pdb2gmx，genion，genbox等等），但是想用ngmx打开trr的时候发现错误：bash：no such command。
请问这是什么问题？该如何解决？？

我已经在想着下一个VMD来看了= =

信息：CentOS6.3，新系统
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God‘s in his heaven，all's right with the world。
1楼 2013-07-09 11:38:28
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huyingdamon

银虫 (小有名气)
同学，我的是windows，所以下了VMD，我试着导入trr文件，可是窗口没显示图形，是不是要设置什么，您知道吗，谢谢哈，关于您提问的我也不会，呵呵
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2楼2013-07-09 13:22:54
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Leliel

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by huyingdamon at 2013-07-09 13:22:54
同学，我的是windows，所以下了VMD，我试着导入trr文件，可是窗口没显示图形，是不是要设置什么，您知道吗，谢谢哈，关于您提问的我也不会，呵呵

呃，我是用的linux下的vmd，昨天刚装上，不过现在在跑程序也没试着用过，我觉得你可以去vmd的官网找点manual来看
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God‘s in his heaven，all's right with the world。
3楼2013-07-10 14:39:38
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liangjun44

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
2楼: Originally posted by huyingdamon at 2013-07-09 13:22:54
同学，我的是windows，所以下了VMD，我试着导入trr文件，可是窗口没显示图形，是不是要设置什么，您知道吗，谢谢哈，关于您提问的我也不会，呵呵

想要查看轨迹的话，先导入.gro文件，再在这个gro文件中load入trr文件。直接打开trr是什么都看不见的……建议看看vmd的手册吧
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4楼2013-07-10 20:23:25
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liangjun44

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
Leliel: 金币+20, ★★★很有帮助, 虽然我已经打算用vmd了，不过你的建议还是很中肯的！谢谢！！ 2013-07-11 13:01:00
我以前试过这样的：在cygwin下面装gromacs，ngmx用不了，因为缺少Xwindows和Xorg什么的，这个可能有点关系，可以尝试装一下xwindows或者xorg，然后再编译重新gromacs
其实对比起vmd，ngmx确实是没多大用处，建议还是用vmd吧
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5楼2013-07-10 20:28:35
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yaozhq

金虫 (小有名气)
其实你回头去看编译时候的记录就会看到 你肯定是系统缺少了什么库 gromacs认定没法编译出ngmx 而且ngmx也只是一个很简单的小工具 实际用途远不如vmd 它也就是提醒你一下 一闪而过 后面只是不去管ngmx了
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6楼2013-07-11 20:46:42
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huyingdamon

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by liangjun44 at 2013-07-10 20:23:25
想要查看轨迹的话，先导入.gro文件，再在这个gro文件中load入trr文件。直接打开trr是什么都看不见的……建议看看vmd的手册吧...

嗯 谢谢哈
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7楼2013-07-12 12:16:48
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