应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » ngmx指令找不到
71/1返回列表
查看: 2130  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

Leliel

铜虫 (初入文坛)

[求助] ngmx指令找不到

我是刚装好的gromacs4.6.2,最新版本，添加了bin里面的环境变量后发现其他的功能都可以使用（如pdb2gmx，genion，genbox等等），但是想用ngmx打开trr的时候发现错误：bash：no such command。
请问这是什么问题？该如何解决？？

我已经在想着下一个VMD来看了= =

信息：CentOS6.3，新系统
回复此楼

» 猜你喜欢
God‘s in his heaven，all's right with the world。
1楼 2013-07-09 11:38:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huyingdamon

银虫 (小有名气)
同学，我的是windows，所以下了VMD，我试着导入trr文件，可是窗口没显示图形，是不是要设置什么，您知道吗，谢谢哈，关于您提问的我也不会，呵呵
赞一下 回复此楼
2楼2013-07-09 13:22:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Leliel

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by huyingdamon at 2013-07-09 13:22:54
同学，我的是windows，所以下了VMD，我试着导入trr文件，可是窗口没显示图形，是不是要设置什么，您知道吗，谢谢哈，关于您提问的我也不会，呵呵

呃，我是用的linux下的vmd，昨天刚装上，不过现在在跑程序也没试着用过，我觉得你可以去vmd的官网找点manual来看
赞一下 回复此楼
God‘s in his heaven，all's right with the world。
3楼2013-07-10 14:39:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liangjun44

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
2楼: Originally posted by huyingdamon at 2013-07-09 13:22:54
同学，我的是windows，所以下了VMD，我试着导入trr文件，可是窗口没显示图形，是不是要设置什么，您知道吗，谢谢哈，关于您提问的我也不会，呵呵

想要查看轨迹的话，先导入.gro文件，再在这个gro文件中load入trr文件。直接打开trr是什么都看不见的……建议看看vmd的手册吧
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2013-07-10 20:23:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liangjun44

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
Leliel: 金币+20, ★★★很有帮助, 虽然我已经打算用vmd了，不过你的建议还是很中肯的！谢谢！！ 2013-07-11 13:01:00
我以前试过这样的：在cygwin下面装gromacs，ngmx用不了，因为缺少Xwindows和Xorg什么的，这个可能有点关系，可以尝试装一下xwindows或者xorg，然后再编译重新gromacs
其实对比起vmd，ngmx确实是没多大用处，建议还是用vmd吧
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2013-07-10 20:28:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yaozhq

金虫 (小有名气)
其实你回头去看编译时候的记录就会看到 你肯定是系统缺少了什么库 gromacs认定没法编译出ngmx 而且ngmx也只是一个很简单的小工具 实际用途远不如vmd 它也就是提醒你一下 一闪而过 后面只是不去管ngmx了
赞一下 回复此楼
6楼2013-07-11 20:46:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huyingdamon

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by liangjun44 at 2013-07-10 20:23:25
想要查看轨迹的话，先导入.gro文件，再在这个gro文件中load入trr文件。直接打开trr是什么都看不见的……建议看看vmd的手册吧...

嗯 谢谢哈
回复此楼
7楼2013-07-12 12:16:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 Leliel 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[有机交流] OpenAI又攻克数学难题了，离AI做有机合成还有多远？ +8 wangyl_123 2026-10-10 12/600 2026-10-13 20:40 by Merryya
[硕博家园] 极限拉扯，如何抉择 +9 Isak0320 2026-10-12 13/650 2026-10-13 11:57 by Isak0320
[教师之家] 课题组会帮你通过考核么？ +4 好运来～9527 2026-10-10 7/350 2026-10-13 08:41 by xli1984
[基金申请] 入职后第一次管课题组的专利缴费，对账才发现官费比别人多掏了一倍 +6 13108017953 2026-10-08 6/300 2026-10-12 20:07 by w3w3y3
[公派出国] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:34 by XQNyDCa1Tk5n
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:15 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 22:11 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:06 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 14:25 by VOMexwnDzOFZ
[教师之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 (EPI+-1)(金币-50) +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 14:05 by VOMexwnDzOFZ
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:51 by VOMexwnDzOFZ
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:45 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:54 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:34 by VOMexwnDzOFZ
[考博] 招收博士生一名 +3 mandolin 2026-10-10 3/150 2026-10-11 10:21 by 不是山谷！
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 4/200 2026-10-11 03:14 by M0zrYVSAnxpE
[有机交流] 各位大佬，路线设计求助 +6 zapen 2026-10-08 8/400 2026-10-10 15:59 by zapen
[有机交流] 我应该选哪条合成路线让实验成功率高一些？ +5 jing816y 2026-10-08 9/450 2026-10-10 09:05 by zapen
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭