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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 用NAMD怎么计算MM-BPSA？
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wshzxcc

金虫 (小有名气)

[求助] 用NAMD怎么计算MM-BPSA？

有那位知道怎么用NAMD计算MM-BPSA吗？具体怎么操作的呢。指点一下啊，或者有教程么。谢谢
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自学成才
1楼 2012-05-05 09:27:33
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wshzxcc: 金币+5, ★有帮助 2012-05-05 14:47:40
namd和gromacs都不能直接算mm-pbsa,这是amber特有的，从理论上来说，如果你利用vmd把namd的轨迹转成amber的格式后，是可以用amber算的，但是小分子的轨迹貌似不好转。另一方面，如果你只是要总的结合能，利用apbs等第三方软件，结合你的MD结果，是可以计算出来的。
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2楼2012-05-05 12:36:32
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wshzxcc

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-05-05 12:36:32
namd和gromacs都不能直接算mm-pbsa,这是amber特有的，从理论上来说，如果你利用vmd把namd的轨迹转成amber的格式后，是可以用amber算的，但是小分子的轨迹貌似不好转。另一方面，如果你只是要总的结合能，利用apbs等 ...

你好，谢谢你的指点。请问你有windows下用的apbs软件吗？传一个啊。
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自学成才
3楼2012-06-08 20:32:02
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
引用回帖:
3楼: Originally posted by wshzxcc at 2012-06-08 20:32:02
你好，谢谢你的指点。请问你有windows下用的apbs软件吗？传一个啊。...

http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=4549565
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4楼2012-06-09 10:48:01
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