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souledge

专家顾问 (著名写手)

[求助] =.= Zr_sv的PBE-PAW赝势在计算中出现了个跳跃点…… 已有1人参与

帮同学做ZrC (Fm-3m结构，也就是氯化钠结构。实验晶格常数为4.68埃)的EOS拟合，用的PBE-PAW赝势。选择截断能500eV，为了速度，精度选择了Normal～然后K点是13x13x13。
POSCAR的设置为：
CODE:
(Zr C)4  (Fm-3m) ~ Untitled (VASP)
    $OP
            0.000  0.500  0.500
            0.500  0.000  0.500
            0.500  0.500  0.000
  1 1
Direct
        0.00000000 0.00000000 0.00000000
        0.50000000 0.50000000 0.50000000

从OUTCAR的内容来看，结构是正确读取了的：
CODE:
ion  position               nearest neighbor table
   1  0.000  0.000  0.000-   2 2.29   2 2.29   2 2.29   2 2.29   2 2.29   2 2.29
   2  0.500  0.500  0.500-   1 2.29   1 2.29   1 2.29   1 2.29   1 2.29   1 2.29

  LATTYP: Found a face centered cubic cell.
ALAT       =     4.5900000000
  
  Lattice vectors:
  
A1 = (   0.0000000000,   2.2950000000,   2.2950000000)
A2 = (   2.2950000000,   0.0000000000,   2.2950000000)
A3 = (   2.2950000000,   2.2950000000,   0.0000000000)

分别使用了4.6和5.2计算，结果得到的E-V图居然是（使用a.u.单位是为了使用eos程序方便）：

出现跳点的位置是4.67埃，而这个点也是直接使用结构优化得到的点……
看了一下某版热心提供的新版PBE-PAW赝势，偏偏Zr的就没有更新……由于碳的赝势已经计算过不少东西了，暂时没发现什么问题，所以现在怀疑是Zr的赝势本身的问题……毕竟就算K点不足，截断能不够，也不该就总是一个点跳吧……
计算的INCAR，KPOINTS和POSCAR都在附件中～
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    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : ZrC.tar.gz
    • 2012-04-24 21:10:33, 116.96 K

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思想重于技巧，内涵重于表象
1楼 2012-04-24 21:11:15
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gavinliu7390

木虫 (著名写手)

叶落鹰飞

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
fzx2008: 金币+3, 谢谢指教 2012-04-24 21:46:30
souledge: 金币+2, ★★★很有帮助, 的确有问题，连ZrN也是同样的情况，基本断定是VASP自带赝势的问题，或者，有时间再试是否增加计算精度可有帮助吧～ 2012-04-25 15:05:45
最简单的办法就是去掉那个坏点。
你可以仔细检查一下那个点， 肯定有问题。
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真理是一点点接近的！
2楼2012-04-24 21:41:59
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iamikaruk

木虫 (著名写手)
★
fzx2008: 金币+1, 谢谢回帖交流！ 2012-04-24 22:31:26
把那个点的晶格常数稍微改一点结果怎么样？
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[img]http://osu.ppy.sh/stat2/iamikaruk-0.png[/img]
3楼2012-04-24 22:29:32
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
fzx2008: 金币+2, 谢谢回帖交流！ 2012-04-24 23:37:02
souledge: 金币+2, ★★★很有帮助, 暂时基本确定是Zr的赝势问题，使用同赝势的ZrN有同样的跳点……看来还是自己做赝势比较保险…… 2012-04-25 15:07:26
这个重新计算一次试试，计算环境不要变化，计算环境（并行程序和库）也会影响计算结果，我以前出现够很多次这样的现象
另外INCAR里面的参数尽可能的具体不要使用默认的，或许会好点
只要保证这些一致应该不会出现这些问题，一般弄好后相差的能量在0.0几个eV
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
4楼2012-04-24 23:26:04
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souledge

专家顾问 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by iamikaruk at 2012-04-24 22:29:32:
把那个点的晶格常数稍微改一点结果怎么样？

其实我也这么想，想看在这个点附近是不是能搞出个二次曲线来……不过现在所有电脑都在跑任务……
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思想重于技巧，内涵重于表象
5楼2012-04-24 23:52:36
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souledge

专家顾问 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 贺仪 at 2012-04-24 23:26:04:
这个重新计算一次试试，计算环境不要变化，计算环境（并行程序和库）也会影响计算结果，我以前出现够很多次这样的现象
另外INCAR里面的参数尽可能的具体不要使用默认的，或许会好点
只要保证这些一致应该不会出 ...

试过的环境：
环境一：Ubuntu系统，OpenMPI，使用ifort编译，QE的数学库，以及fftw3
环境二：CentOS系统，MPICH2，使用ifort编译，ACML数学库，MKL的fftw
环境三：Red Hat系统，MPICH2，完全使用intel的编译器和库……
三个环境的结果大致相仿（只是TOTEN的最后两位有差异，这点差异完全可以忽略）
INCAR的参数是通过MedeA的界面设置的，并没有全用默认值~
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6楼2012-04-24 23:56:01
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
★
uuv2010: 金币+1, 欢迎参加讨论 2012-04-26 09:31:37
引用回帖:
6楼: Originally posted by souledge at 2012-04-24 23:56:01:
试过的环境：
环境一：Ubuntu系统，OpenMPI，使用ifort编译，QE的数学库，以及fftw3
环境二：CentOS系统，MPICH2，使用ifort编译，ACML数学库，MKL的fftw
环境三：Red Hat系统，MPICH2，完全使用intel的编译器 ...

你有三个系统？每个上面都计算了一遍都是这样的？

对于同样的计算，不同的环境或许能得到差不多的结果，
但是能量的绝对值也并不是每次都能对的上的，特别是
晶格参数变化比较小的时候，有时候差值就在10-1000meV左右
得出来的E-V曲线一般是不平滑的

你们买medeA了？
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
7楼2012-04-25 08:41:09
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souledge

专家顾问 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 贺仪 at 2012-04-25 08:41:09:
你有三个系统？每个上面都计算了一遍都是这样的？

对于同样的计算，不同的环境或许能得到差不多的结果，
但是能量的绝对值也并不是每次都能对的上的，特别是
晶格参数变化比较小的时候，有时候差值就在10-1 ...

木有工作站，木有集群，木有大型机，只好自己掏腰包多买几台发烧级台机来计算了……
能量的绝对值是不能完全对上，但是差别没那么大，甚至用PathScale编译的也试过了，都是差别小于meV级的～
E-V曲线可以不甚平滑，但是不带这么瞎跳的嘛～
MedeA？连电脑都是自己掏钱买的，老板咋可能给掏钱买MedeA～要不我也不会基本都用PWscf那种免费软件了，还不是为了防止paper和thesis的版权问题……
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思想重于技巧，内涵重于表象
8楼2012-04-25 09:26:45
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souledge

专家顾问 (著名写手)
测试了其他赝势（LDA_US，LDA_PAW，PW91_US，PW91_PAW），都没有这样的跳点问题～
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思想重于技巧，内涵重于表象
9楼2012-04-25 09:28:39
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
★
uuv2010: 金币+1, 欢迎参加讨论 2012-04-26 09:31:44
引用回帖:
9楼: Originally posted by souledge at 2012-04-25 09:28:39:
测试了其他赝势（LDA_US，LDA_PAW，PW91_US，PW91_PAW），都没有这样的跳点问题～

那基本可以肯定是赝势的问题了
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
10楼2012-04-25 09:48:50
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