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anyachan

木虫 (小有名气)

[求助] 怎样把膜的pdb文件转换成gro文件? 已有3人参与

网上下载的膜为pdb格式的,我是用gromacs做后面的模拟要转换成gro格式的文件,用pdb2gmx转换时出现错误
Fatal error:
Residue 'DPP' not found in residue topology database

请问如何解决?我用的是dppc的膜,谢谢!
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QQ_Q_Q_QQ

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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感谢参与,应助指数 +1
anyachan: 金币+4, ★★★很有帮助 2014-02-13 11:38:48
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流! 2014-02-13 13:26:53
2楼2014-02-12 17:19:57
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870277182

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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感谢参与,应助指数 +1
anyachan: 金币+2, 有帮助 2014-02-13 11:39:00
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流! 2014-02-13 13:27:02
你这个问题太正常了,问题就出在你的立场文件里,你膜结构pdb文件里的分子参数在立场文件里是不存在的,所以用pdb2gmx生成不了拓扑文件
解决的办法:你可以去以前有做过这个结构的人那里要力场参数来,也可以自己模仿着写,就要看你自己的水平了这个
3楼2014-02-12 17:32:40
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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anyachan: 金币+4, ★★★很有帮助 2014-02-13 11:39:10
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流! 2014-02-13 13:27:09
pdb转gro? editconf命令不是直接可以转么,干嘛用pdb2gmx
gromacs
4楼2014-02-12 17:50:41
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anyachan

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by QQ_Q_Q_QQ at 2014-02-12 17:19:57
试试这个:
http://bioinf.modares.ac.ir/software/mb/

恩,看了一下,挺不错的
5楼2014-02-13 11:34:01
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anyachan

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 870277182 at 2014-02-12 17:32:40
你这个问题太正常了,问题就出在你的立场文件里,你膜结构pdb文件里的分子参数在立场文件里是不存在的,所以用pdb2gmx生成不了拓扑文件
解决的办法:你可以去以前有做过这个结构的人那里要力场参数来,也可以自己模 ...

以后可能会尝试,谢谢!
6楼2014-02-13 11:35:03
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anyachan

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by fangsteel at 2014-02-12 17:50:41
pdb转gro? editconf命令不是直接可以转么,干嘛用pdb2gmx

真的耶,谢谢提醒,太感谢了!
7楼2014-02-13 11:37:11
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870277182

铁虫 (小有名气)


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-02-14 15:03:32
引用回帖:
4楼: Originally posted by fangsteel at 2014-02-12 17:50:41
pdb转gro? editconf命令不是直接可以转么,干嘛用pdb2gmx

你确定用editconf能行吗?那个只是转化格式,也不会生成拓扑文件啊,后边的工作还是没法做不是。求大神指教
8楼2014-02-13 17:41:41
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anyachan

木虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 870277182 at 2014-02-13 17:41:41
你确定用editconf能行吗?那个只是转化格式,也不会生成拓扑文件啊,后边的工作还是没法做不是。求大神指教...

我也发现了,后面又做不下去了
9楼2014-02-13 20:45:55
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fangsteel

木虫 (正式写手)


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-02-14 15:03:37
引用回帖:
9楼: Originally posted by anyachan at 2014-02-13 20:45:55
我也发现了,后面又做不下去了...

这个没办法,只能从不同力场上找或者参考别人的文献数据。
gromacs
10楼2014-02-14 08:44:38
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