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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 怎样把膜的pdb文件转换成gro文件？
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anyachan

木虫 (小有名气)

[求助] 怎样把膜的pdb文件转换成gro文件？ 已有3人参与

网上下载的膜为pdb格式的，我是用gromacs做后面的模拟要转换成gro格式的文件，用pdb2gmx转换时出现错误
Fatal error:
Residue 'DPP' not found in residue topology database

请问如何解决？我用的是dppc的膜，谢谢！
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1楼 2014-02-12 15:09:09
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QQ_Q_Q_QQ

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
anyachan: 金币+4, ★★★很有帮助 2014-02-13 11:38:48
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-02-13 13:26:53
试试这个：
http://bioinf.modares.ac.ir/software/mb/
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2楼2014-02-12 17:19:57
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870277182

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
anyachan: 金币+2, ★有帮助 2014-02-13 11:39:00
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-02-13 13:27:02
你这个问题太正常了，问题就出在你的立场文件里，你膜结构pdb文件里的分子参数在立场文件里是不存在的，所以用pdb2gmx生成不了拓扑文件
解决的办法：你可以去以前有做过这个结构的人那里要力场参数来，也可以自己模仿着写，就要看你自己的水平了这个
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3楼2014-02-12 17:32:40
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
anyachan: 金币+4, ★★★很有帮助 2014-02-13 11:39:10
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-02-13 13:27:09
pdb转gro？ editconf命令不是直接可以转么，干嘛用pdb2gmx
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gromacs
4楼2014-02-12 17:50:41
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anyachan

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by QQ_Q_Q_QQ at 2014-02-12 17:19:57
试试这个：
http://bioinf.modares.ac.ir/software/mb/

恩，看了一下，挺不错的
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5楼2014-02-13 11:34:01
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anyachan

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 870277182 at 2014-02-12 17:32:40
你这个问题太正常了，问题就出在你的立场文件里，你膜结构pdb文件里的分子参数在立场文件里是不存在的，所以用pdb2gmx生成不了拓扑文件
解决的办法：你可以去以前有做过这个结构的人那里要力场参数来，也可以自己模 ...

以后可能会尝试，谢谢！
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6楼2014-02-13 11:35:03
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anyachan

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by fangsteel at 2014-02-12 17:50:41
pdb转gro？ editconf命令不是直接可以转么，干嘛用pdb2gmx

真的耶，谢谢提醒，太感谢了！
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7楼2014-02-13 11:37:11
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870277182

铁虫 (小有名气)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-14 15:03:32
引用回帖:
4楼: Originally posted by fangsteel at 2014-02-12 17:50:41
pdb转gro？ editconf命令不是直接可以转么，干嘛用pdb2gmx

你确定用editconf能行吗？那个只是转化格式，也不会生成拓扑文件啊，后边的工作还是没法做不是。求大神指教
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8楼2014-02-13 17:41:41
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anyachan

木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 870277182 at 2014-02-13 17:41:41
你确定用editconf能行吗？那个只是转化格式，也不会生成拓扑文件啊，后边的工作还是没法做不是。求大神指教...

我也发现了，后面又做不下去了
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9楼2014-02-13 20:45:55
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fangsteel

木虫 (正式写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-14 15:03:37
引用回帖:
9楼: Originally posted by anyachan at 2014-02-13 20:45:55
我也发现了，后面又做不下去了...

这个没办法，只能从不同力场上找或者参考别人的文献数据。
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gromacs
10楼2014-02-14 08:44:38
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