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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 如何用open babel软件把PDB格式的文件转换成mol2格式？
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liuyanyanhx

新虫 (小有名气)

[交流] 如何用open babel软件把PDB格式的文件转换成mol2格式？

用open babel转换mol2格式，需要勾选中间的选项吗？为什么保存到指定位置后总是不能显示？
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1楼2013-04-03 22:35:14
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liuyanyanhx

新虫 (小有名气)
PDB文件是我用chem3D画的富勒烯的三维结构，是不是open babel不支持富勒烯而只针对有机小分子才能识别？
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2楼2013-04-03 22:42:31
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lrf1980

新虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-04-06 09:06:29
用命令吧。babel -ipdb filename.pdb -omol2 filename.mol2
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liuyanyanhx
3楼2013-04-03 23:40:16
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liuyanyanhx

新虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by lrf1980 at 2013-04-03 23:40:16
用命令吧。babel -ipdb filename.pdb -omol2 filename.mol2

不好意思，我还是听不懂呢，能说的再稍微详细一点吗？我这个open babel以前也没用过，所以经验很匮乏，谢谢！
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4楼2013-04-04 09:39:51
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lrf1980

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你用的是什么系统，如果是linux系统的话，直接在终端下面把我说的命令输入就可以将你的分子从pdb转换成mol2。如果是windows系统的话，应该可以。试试吧。没有用过openbabel的图形界面。如果还不懂，到www.openbabel.org上去找答案。
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liuyanyanhx
5楼2013-04-04 18:47:08
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liuyanyanhx

新虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by lrf1980 at 2013-04-04 18:47:08
你用的是什么系统，如果是linux系统的话，直接在终端下面把我说的命令输入就可以将你的分子从pdb转换成mol2。如果是windows系统的话，应该可以。试试吧。没有用过openbabel的图形界面。如果还不懂，到www.openbabel ...

谢谢，我明白你的意思了，不过我用的SYBYL直接就可以把pdb转换成mol2格式的文件，问题已经解决，非常感谢你！
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6楼2013-04-04 23:01:06
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-04-06 09:06:46
可以考虑用pymol过渡一下，用pymol先保存成mol格式，然后用chemifraw把mol格式转换成mo2格式
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liuyanyanhx
7楼2013-04-05 19:20:54
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liuyanyanhx

新虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by longytu at 2013-04-05 19:20:54
可以考虑用pymol过渡一下，用pymol先保存成mol格式，然后用chemifraw把mol格式转换成mo2格式

恩，谢谢，我会试一试的，非常感谢！
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8楼2013-04-05 22:29:08
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神秘诗人

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主求助，我也在纠结这个PDB转成mol2，第一次用openbabel。不会转，网上又找不到教程。真心求助！
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9楼2015-05-17 10:38:09
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