应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 如何用open babel软件把PDB格式的文件转换成mol2格式？
51/1返回列表
查看: 4575  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

liuyanyanhx

新虫 (小有名气)

[交流] 如何用open babel软件把PDB格式的文件转换成mol2格式？

用open babel转换mol2格式，需要勾选中间的选项吗？为什么保存到指定位置后总是不能显示？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

酶的资料

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2013-04-03 22:35:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longytu

捐助贵宾 (正式写手)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-04-06 09:06:46
可以考虑用pymol过渡一下，用pymol先保存成mol格式，然后用chemifraw把mol格式转换成mo2格式
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

liuyanyanhx
7楼2013-04-05 19:20:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

liuyanyanhx

新虫 (小有名气)
PDB文件是我用chem3D画的富勒烯的三维结构，是不是open babel不支持富勒烯而只针对有机小分子才能识别？
赞一下 回复此楼
2楼2013-04-03 22:42:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lrf1980

新虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-04-06 09:06:29
用命令吧。babel -ipdb filename.pdb -omol2 filename.mol2
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

liuyanyanhx
3楼2013-04-03 23:40:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuyanyanhx

新虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by lrf1980 at 2013-04-03 23:40:16
用命令吧。babel -ipdb filename.pdb -omol2 filename.mol2

不好意思，我还是听不懂呢，能说的再稍微详细一点吗？我这个open babel以前也没用过，所以经验很匮乏，谢谢！
赞一下 回复此楼
4楼2013-04-04 09:39:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭