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如何用open babel软件把PDB格式的文件转换成mol2格式？
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| 用open babel转换mol2格式，需要勾选中间的选项吗？为什么保存到指定位置后总是不能显示？ |
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2楼2013-04-03 22:42:31
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chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-04-06 09:06:29
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chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-04-06 09:06:29
| 用命令吧。babel -ipdb filename.pdb -omol2 filename.mol2 |
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liuyanyanhx3楼2013-04-03 23:40:16
4楼2013-04-04 09:39:51
★
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| 你用的是什么系统，如果是linux系统的话，直接在终端下面把我说的命令输入就可以将你的分子从pdb转换成mol2。如果是windows系统的话，应该可以。试试吧。没有用过openbabel的图形界面。如果还不懂，到www.openbabel.org上去找答案。 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
5楼2013-04-04 18:47:08
6楼2013-04-04 23:01:06
★ ★
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chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-04-06 09:06:46
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chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-04-06 09:06:46
| 可以考虑用pymol过渡一下，用pymol先保存成mol格式，然后用chemifraw把mol格式转换成mo2格式 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
7楼2013-04-05 19:20:54
8楼2013-04-05 22:29:08
9楼2015-05-17 10:38:09