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liuyanyanhx

新虫 (小有名气)


[交流] 如何用open babel软件把PDB格式的文件转换成mol2格式?

用open babel转换mol2格式,需要勾选中间的选项吗?为什么保存到指定位置后总是不能显示?
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liuyanyanhx

新虫 (小有名气)


PDB文件是我用chem3D画的富勒烯的三维结构,是不是open babel不支持富勒烯而只针对有机小分子才能识别?
2楼2013-04-03 22:42:31
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lrf1980

新虫 (小有名气)


★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-04-06 09:06:29
用命令吧。babel -ipdb filename.pdb -omol2 filename.mol2

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3楼2013-04-03 23:40:16
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liuyanyanhx

新虫 (小有名气)


送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by lrf1980 at 2013-04-03 23:40:16
用命令吧。babel -ipdb filename.pdb -omol2 filename.mol2

不好意思,我还是听不懂呢,能说的再稍微详细一点吗?我这个open babel以前也没用过,所以经验很匮乏,谢谢!
4楼2013-04-04 09:39:51
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lrf1980

新虫 (小有名气)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
你用的是什么系统,如果是linux系统的话,直接在终端下面把我说的命令输入就可以将你的分子从pdb转换成mol2。如果是windows系统的话,应该可以。试试吧。没有用过openbabel的图形界面。如果还不懂,到www.openbabel.org上去找答案。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

5楼2013-04-04 18:47:08
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liuyanyanhx

新虫 (小有名气)


送鲜花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by lrf1980 at 2013-04-04 18:47:08
你用的是什么系统,如果是linux系统的话,直接在终端下面把我说的命令输入就可以将你的分子从pdb转换成mol2。如果是windows系统的话,应该可以。试试吧。没有用过openbabel的图形界面。如果还不懂,到www.openbabel ...

谢谢,我明白你的意思了,不过我用的SYBYL直接就可以把pdb转换成mol2格式的文件,问题已经解决,非常感谢你!
6楼2013-04-04 23:01:06
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)


★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-04-06 09:06:46
可以考虑用pymol过渡一下,用pymol先保存成mol格式,然后用chemifraw把mol格式转换成mo2格式

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7楼2013-04-05 19:20:54
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liuyanyanhx

新虫 (小有名气)


送鲜花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by longytu at 2013-04-05 19:20:54
可以考虑用pymol过渡一下,用pymol先保存成mol格式,然后用chemifraw把mol格式转换成mo2格式

恩,谢谢,我会试一试的,非常感谢!
8楼2013-04-05 22:29:08
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神秘诗人

新虫 (初入文坛)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
楼主求助,我也在纠结这个PDB转成mol2,第一次用openbabel。不会转,网上又找不到教程。真心求助!
9楼2015-05-17 10:38:09
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