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liuyanyanhx

新虫 (小有名气)


[交流] 如何用open babel软件把PDB格式的文件转换成mol2格式?

用open babel转换mol2格式,需要勾选中间的选项吗?为什么保存到指定位置后总是不能显示?
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lrf1980

新虫 (小有名气)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
你用的是什么系统,如果是linux系统的话,直接在终端下面把我说的命令输入就可以将你的分子从pdb转换成mol2。如果是windows系统的话,应该可以。试试吧。没有用过openbabel的图形界面。如果还不懂,到www.openbabel.org上去找答案。

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5楼2013-04-04 18:47:08
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liuyanyanhx

新虫 (小有名气)


PDB文件是我用chem3D画的富勒烯的三维结构,是不是open babel不支持富勒烯而只针对有机小分子才能识别?
2楼2013-04-03 22:42:31
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lrf1980

新虫 (小有名气)


★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-04-06 09:06:29
用命令吧。babel -ipdb filename.pdb -omol2 filename.mol2

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3楼2013-04-03 23:40:16
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liuyanyanhx

新虫 (小有名气)


送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by lrf1980 at 2013-04-03 23:40:16
用命令吧。babel -ipdb filename.pdb -omol2 filename.mol2

不好意思,我还是听不懂呢,能说的再稍微详细一点吗?我这个open babel以前也没用过,所以经验很匮乏,谢谢!
4楼2013-04-04 09:39:51
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