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jackeychen04木虫 (小有名气)
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分子对接中mol文件用open babel 转化为mol2
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因课题需要本人刚接触分子对接，不是很熟悉这个，看文献先画出分子平面结构，然后我是在在线将平面结构转化为3D结构http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/prodrg/index.html 最后用open babel 加氢加电贺，这个不知到具体步骤 想问问各位大侠。 我最终想要得到如下格式的mol2文件 @ HUP999 37 39 1 0 4 SMALL GASTEIGER @ SMALL @ 1 H1 2.9427 68.8027 60.0338 H 1 HUP999 0.1548 2 H2 -0.7396 69.1138 62.0324 H 1 HUP999 0.0669 3 H3 0.3492 68.3943 64.0675 H 1 HUP999 0.0624 4 H4 5.0199 69.1085 61.7835 H 1 HUP999 0.0334 5 H5 4.7500 67.4801 61.0750 H 1 HUP999 0.0334 6 H6 6.1947 67.5970 63.2325 H 1 HUP999 0.0394 7 H7 5.4043 65.3009 62.7546 H 1 HUP999 0.0578 8 H8 6.5925 70.6254 65.4723 H 1 HUP999 0.0272 9 H9 6.6645 69.9561 63.8069 H 1 HUP999 0.0272 10 H10 7.1342 68.9334 65.2070 H 1 HUP999 0.0272 11 H11 4.3916 69.8366 65.6345 H 1 HUP999 0.0571 12 H12 1.4640 68.3437 65.7702 H 1 HUP999 0.2006 13 H13 2.5059 69.5948 65.5282 H 1 HUP999 0.2006 14 H14 2.9113 68.3726 66.5536 H 1 HUP999 0.2006 15 H15 1.8746 66.0893 64.6984 H 1 HUP999 0.0375 16 H16 3.1615 66.2279 65.9441 H 1 HUP999 0.0375 17 H17 4.2285 63.4492 63.6170 H 1 HUP999 0.0274 18 H18 2.4999 63.7965 63.9603 H 1 HUP999 0.0274 19 C1 1.0705 69.0592 60.8048 C.2 1 HUP999 0.2409 20 O1 0.5652 69.4351 59.7182 O.2 1 HUP999 -0.2705 21 N1 2.4050 68.7393 60.8745 N.am 1 HUP999 -0.2851 22 C2 0.3295 68.9066 62.0228 C.2 1 HUP999 0.0010 23 C3 0.9458 68.5069 63.1635 C.2 1 HUP999 -0.0462 24 C4 2.3432 68.2281 63.2271 C.2 1 HUP999 0.0250 25 C5 3.0634 68.3317 62.0372 C.2 1 HUP999 0.0207 26 C6 4.5347 68.1328 61.9338 C.3 1 HUP999 -0.0038 27 C7 5.1014 67.4763 63.2267 C.3 1 HUP999 0.0094 28 C8 4.7896 65.9969 63.3235 C.2 1 HUP999 -0.0771 29 C9 6.4506 69.7224 64.8603 C.3 1 HUP999 -0.0463 30 C10 5.0453 69.2524 64.9885 C.2 1 HUP999 -0.0814 31 C11 4.5150 68.2109 64.4057 C.2 1 HUP999 -0.0112 32 C12 3.0565 67.8689 64.5747 C.3 1 HUP999 0.0397 33 N2 2.4351 68.6033 65.6957 N.4 1 HUP999 0.2297 34 C13 2.9186 66.3830 64.8825 C.3 1 HUP999 0.0225 35 C14 3.7982 65.5024 64.0718 C.2 1 HUP999 -0.0697 36 C15 3.5364 64.0232 64.2506 C.3 1 HUP999 -0.0435 37 H19 3.6905 63.7483 65.3045 H 1 HUP999 0.0274 @ 1 21 1 1 2 22 2 1 3 23 3 1 4 26 4 1 5 26 5 1 6 27 6 1 7 28 7 1 8 29 8 1 9 29 9 1 10 29 10 1 11 30 11 1 12 33 12 1 13 33 13 1 14 33 14 1 15 34 15 1 16 34 16 1 17 36 17 1 18 36 18 1 19 19 20 2 20 21 19 am 21 22 19 1 22 25 21 am 23 23 22 2 24 24 23 1 25 24 25 2 26 32 24 1 27 26 25 1 28 27 26 1 29 28 27 1 30 27 31 1 31 35 28 2 32 30 29 1 33 31 30 2 34 32 31 1 35 32 33 1 36 34 32 1 37 35 34 1 38 35 36 1 39 36 37 1 @ 1 HUP999 19 GROUP 0 A **** 0 ROOT @ UNK_ATOMS STATIC ATOMS AMSOM **** Atom types guessed for these atoms 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 LAB$A_USER STATIC ATOMS LABELGROUP SYSTEM 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 LAB$A_TYPE STATIC ATOMS LABELGROUP SYSTEM 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 ATOM$INVISIBLE STATIC ATOMS DISPGROUP SYSTEM 0 但是我现在的文件（具体见附件Jun927562.rar） dava@davapc1.bioch.dundee.ac.uk REMARK REMARK When using this software in a publication, cite: REMARK A. W. Schuettelkopf and D. M. F. van Aalten (2004). REMARK PRODRG - a tool for high-throughput crystallography REMARK of protein-ligand complexes. REMARK Acta Crystallogr. D60, 1355--1363. REMARK REMARK HETATM 1 CAD DRG 1 2.420 -7.230 1.180 1.00 20.00 C HETATM 2 1HAD DRG 1 2.851 -7.280 2.081 1.00 20.00 H HETATM 3 2HAD DRG 1 2.982 -7.720 0.514 1.00 20.00 H HETATM 4 NAE DRG 1 2.150 -5.850 0.770 1.00 20.00 N HETATM 5 HAA DRG 1 2.810 -5.290 0.280 1.00 20.00 H HETATM 6 CAG DRG 1 0.910 -5.550 1.170 1.00 20.00 C HETATM 7 SAB DRG 1 0.150 -4.040 0.900 1.00 20.00 S HETATM 8 OAF DRG 1 0.330 -6.600 1.810 1.00 20.00 O HETATM 9 CAH DRG 1 0.980 -7.730 1.200 1.00 20.00 C HETATM 10 1HAH DRG 1 0.596 -7.992 0.315 1.00 20.00 H HETATM 11 CAC DRG 1 0.880 -8.880 1.980 1.00 20.00 C HETATM 12 1HAC DRG 1 1.694 -9.237 2.439 1.00 20.00 H HETATM 13 CAA DRG 1 -0.340 -9.540 2.130 1.00 20.00 C HETATM 14 1HAA DRG 1 -0.397 -10.364 2.693 1.00 20.00 H HETATM 15 2HAA DRG 1 -1.158 -9.189 1.674 1.00 20.00 H CONECT 1 2 3 4 9 CONECT 2 1 CONECT 3 1 CONECT 4 1 5 6 CONECT 5 4 CONECT 6 4 7 8 CONECT 7 6 CONECT 8 6 9 CONECT 9 1 8 10 11 CONECT 10 9 CONECT 11 9 12 13 CONECT 12 11 CONECT 13 11 14 15 CONECT 14 13 CONECT 15 13 END 如何用open babel 转化成上面格式的mol2文件格式呢，如果open babel不行，该怎么转 |
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