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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 分子对接中mol文件用open babel 转化为mol2
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jackeychen04

木虫 (小有名气)

[求助] 分子对接中mol文件用open babel 转化为mol2

因课题需要本人刚接触分子对接，不是很熟悉这个，看文献先画出分子平面结构，然后我是在在线将平面结构转化为3D结构http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/prodrg/index.html
最后用open babel 加氢加电贺，这个不知到具体步骤
想问问各位大侠。
我最终想要得到如下格式的mol2文件
@MOLECULE
HUP999
   37    39     1     0     4
SMALL
GASTEIGER


@DICT
SMALL
@ATOM
      1 H1          2.9427   68.8027   60.0338 H         1 HUP999      0.1548
      2 H2         -0.7396   69.1138   62.0324 H         1 HUP999      0.0669
      3 H3          0.3492   68.3943   64.0675 H         1 HUP999      0.0624
      4 H4          5.0199   69.1085   61.7835 H         1 HUP999      0.0334
      5 H5          4.7500   67.4801   61.0750 H         1 HUP999      0.0334
      6 H6          6.1947   67.5970   63.2325 H         1 HUP999      0.0394
      7 H7          5.4043   65.3009   62.7546 H         1 HUP999      0.0578
      8 H8          6.5925   70.6254   65.4723 H         1 HUP999      0.0272
      9 H9          6.6645   69.9561   63.8069 H         1 HUP999      0.0272
     10 H10         7.1342   68.9334   65.2070 H         1 HUP999      0.0272
     11 H11         4.3916   69.8366   65.6345 H         1 HUP999      0.0571
     12 H12         1.4640   68.3437   65.7702 H         1 HUP999      0.2006
     13 H13         2.5059   69.5948   65.5282 H         1 HUP999      0.2006
     14 H14         2.9113   68.3726   66.5536 H         1 HUP999      0.2006
     15 H15         1.8746   66.0893   64.6984 H         1 HUP999      0.0375
     16 H16         3.1615   66.2279   65.9441 H         1 HUP999      0.0375
     17 H17         4.2285   63.4492   63.6170 H         1 HUP999      0.0274
     18 H18         2.4999   63.7965   63.9603 H         1 HUP999      0.0274
     19 C1          1.0705   69.0592   60.8048 C.2       1 HUP999      0.2409
     20 O1          0.5652   69.4351   59.7182 O.2       1 HUP999     -0.2705
     21 N1          2.4050   68.7393   60.8745 N.am      1 HUP999     -0.2851
     22 C2          0.3295   68.9066   62.0228 C.2       1 HUP999      0.0010
     23 C3          0.9458   68.5069   63.1635 C.2       1 HUP999     -0.0462
     24 C4          2.3432   68.2281   63.2271 C.2       1 HUP999      0.0250
     25 C5          3.0634   68.3317   62.0372 C.2       1 HUP999      0.0207
     26 C6          4.5347   68.1328   61.9338 C.3       1 HUP999     -0.0038
     27 C7          5.1014   67.4763   63.2267 C.3       1 HUP999      0.0094
     28 C8          4.7896   65.9969   63.3235 C.2       1 HUP999     -0.0771
     29 C9          6.4506   69.7224   64.8603 C.3       1 HUP999     -0.0463
     30 C10         5.0453   69.2524   64.9885 C.2       1 HUP999     -0.0814
     31 C11         4.5150   68.2109   64.4057 C.2       1 HUP999     -0.0112
     32 C12         3.0565   67.8689   64.5747 C.3       1 HUP999      0.0397
     33 N2          2.4351   68.6033   65.6957 N.4       1 HUP999      0.2297
     34 C13         2.9186   66.3830   64.8825 C.3       1 HUP999      0.0225
     35 C14         3.7982   65.5024   64.0718 C.2       1 HUP999     -0.0697
     36 C15         3.5364   64.0232   64.2506 C.3       1 HUP999     -0.0435
     37 H19         3.6905   63.7483   65.3045 H         1 HUP999      0.0274
@BOND
     1   21    1 1   
     2   22    2 1   
     3   23    3 1   
     4   26    4 1   
     5   26    5 1   
     6   27    6 1   
     7   28    7 1   
     8   29    8 1   
     9   29    9 1   
    10   29   10 1   
    11   30   11 1   
    12   33   12 1   
    13   33   13 1   
    14   33   14 1   
    15   34   15 1   
    16   34   16 1   
    17   36   17 1   
    18   36   18 1   
    19   19   20 2   
    20   21   19 am   
    21   22   19 1   
    22   25   21 am   
    23   23   22 2   
    24   24   23 1   
    25   24   25 2   
    26   32   24 1   
    27   26   25 1   
    28   27   26 1   
    29   28   27 1   
    30   27   31 1   
    31   35   28 2   
    32   30   29 1   
    33   31   30 2   
    34   32   31 1   
    35   32   33 1   
    36   34   32 1   
    37   35   34 1   
    38   35   36 1   
    39   36   37 1   
@SUBSTRUCTURE
     1 HUP999     19 GROUP             0 A     ****    0 ROOT
@SET
UNK_ATOMS       STATIC     ATOMS    AMSOM    **** Atom types guessed for these atoms
18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36
LAB$A_USER      STATIC     ATOMS    LABELGROUP SYSTEM
18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36
LAB$A_TYPE      STATIC     ATOMS    LABELGROUP SYSTEM
18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36
ATOM$INVISIBLE  STATIC     ATOMS    DISPGROUP SYSTEM
0

但是我现在的文件（具体见附件Jun927562.rar）
dava@davapc1.bioch.dundee.ac.uk
REMARK  
REMARK  When using this software in a publication, cite:
REMARK  A. W. Schuettelkopf and D. M. F. van Aalten (2004).
REMARK  PRODRG - a tool for high-throughput crystallography
REMARK  of protein-ligand complexes.
REMARK  Acta Crystallogr. D60, 1355--1363.
REMARK  
REMARK  
HETATM    1  CAD DRG     1       2.420  -7.230   1.180  1.00 20.00             C
HETATM    2 1HAD DRG     1       2.851  -7.280   2.081  1.00 20.00             H
HETATM    3 2HAD DRG     1       2.982  -7.720   0.514  1.00 20.00             H
HETATM    4  NAE DRG     1       2.150  -5.850   0.770  1.00 20.00             N
HETATM    5  HAA DRG     1       2.810  -5.290   0.280  1.00 20.00             H
HETATM    6  CAG DRG     1       0.910  -5.550   1.170  1.00 20.00             C
HETATM    7  SAB DRG     1       0.150  -4.040   0.900  1.00 20.00             S
HETATM    8  OAF DRG     1       0.330  -6.600   1.810  1.00 20.00             O
HETATM    9  CAH DRG     1       0.980  -7.730   1.200  1.00 20.00             C
HETATM   10 1HAH DRG     1       0.596  -7.992   0.315  1.00 20.00             H
HETATM   11  CAC DRG     1       0.880  -8.880   1.980  1.00 20.00             C
HETATM   12 1HAC DRG     1       1.694  -9.237   2.439  1.00 20.00             H
HETATM   13  CAA DRG     1      -0.340  -9.540   2.130  1.00 20.00             C
HETATM   14 1HAA DRG     1      -0.397 -10.364   2.693  1.00 20.00             H
HETATM   15 2HAA DRG     1      -1.158  -9.189   1.674  1.00 20.00             H
CONECT    1    2    3    4    9
CONECT    2    1
CONECT    3    1
CONECT    4    1    5    6
CONECT    5    4
CONECT    6    4    7    8
CONECT    7    6
CONECT    8    6    9
CONECT    9    1    8   10   11
CONECT   10    9
CONECT   11    9   12   13
CONECT   12   11
CONECT   13   11   14   15
CONECT   14   13
CONECT   15   13
END


如何用open babel 转化成上面格式的mol2文件格式呢，如果open babel不行，该怎么转
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1楼 2011-06-10 08:38:08
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vetzcm

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by jackeychen04 at 2011-06-10 09:56:33:
我想要的mol2格式
http://www.dddc.ac.cn/tarfisdock/webjob/example.mol2

不知楼主学会做Mol2文件了没？
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4楼2011-07-02 21:02:07
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jackeychen04

木虫 (小有名气)
★ ★
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-06-11 22:19:08
补充一下，我看文献用open babel 加氢加电荷，要勾选哪些选项呢，见图
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-06-10 08:44:12
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jackeychen04

木虫 (小有名气)
我想要的mol2格式
http://www.dddc.ac.cn/tarfisdock/webjob/example.mol2
赞一下 回复此楼
3楼2011-06-10 09:56:33
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jackeychen04

木虫 (小有名气)
你会么，多交流啊
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5楼2011-07-03 22:07:00
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