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gromacs蛋白计算结束后老是跑出盒子 已有3人参与
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最近使用gromacs对我的目的蛋白进行分子模拟。box使用cubic，直径为1.0，在350K下50ns蛋白跑出了盒子。然后把直径调整为1.5nm，50ns跑完后蛋白依旧跑出了盒子。这是为何呀？是不是我参数哪里设错了？ 下面附上我最后MD时的参数： title = Yo cpp = /usr/bin/cpp constraints = all-bonds integrator = md dt = 0.002 ; ps ! nsteps = 25000000 ; total 10 ps. nstxout = 2000 nstvout = 2000 nstfout = 0 nstlog = 2000 nstenergy = 2000 ns_type = grid rlist = 1.0 coulombtype = PME rcoulomb = 1.0 vdwtype = cut-off rvdw = 1.4 fourierspacing = 0.12 fourier_nx = 0 fourier_ny = 0 fourier_nz = 0 pme_order = 4 ewald_rtol = 1e-5 optimize_fft = yes ; Berendsen temperature coupling is on in two groups Tcoupl = v-rescale tc-grps = Protein non-protein tau_t = 0.1 0.1 ref_t = 450 450 ; Energy monitoring energygrps = Protein non-protein ; Pressure coupling is on Pcoupl = Parrinello-Rahman Pcoupltype = isotropic tau_p = 2 compressibility = 4.5e-5 ref_p = 1.0 ; Generate velocites is on at 450 K. gen_vel = yes gen_temp = 450.0 gen_seed = 173529 |
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