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moye1991

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于gromacs续跑连接文件的问题已有4人参与

请教:gromacs MD开始先跑了50ns,然后用tpbconv命令又续跑了50ns,跑到了100ns,现在有两个trr文件,我把他们分别转化成了pdb合适的,现在想把两个pdb连在一起,用户trjcat命令,命令如下:trjcat -f a.pdb b.pdb -o new.pdb ,但是提示错误,错误为“Fatal error:
Can not write a pdb file without atom names
怎么回事呢?没办法这样连接?
我只是想得到全部100ns的pdb文件,整个的,还有更好的办法吗?
虚心求教!!感谢!!
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-03-10 19:21:07
moye1991: 金币+1, 呃,解决好了呢 2014-03-17 09:57:47
有意思额,在trjcat命令里没有能输出pdb文件的选项。能把你的trr文件拿过来看看不
2209687362
gromacs
2楼2014-03-10 17:20:05
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lisuperyao

铁杆木虫 (著名写手)


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 应助指数-1, 鼓励参与讨论,但非应助,请勿选择应助回帖! 2014-03-11 18:46:55
可能是我学得不够
pdb还能当轨迹文件用?
3楼2014-03-11 16:12:50
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

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月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2014-03-11 18:47:03
moye1991: 金币+2, 有帮助, 恩恩,现在知道了,谢啦 2014-03-17 09:57:01
你可以直接把两个轨迹文件合并起来啊,
用cat命令:

cat   file1.trr   file2trr  > file—ok.trr
4楼2014-03-11 17:08:42
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870277182

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
moye1991: 金币+2, 恩恩,是的,明白了 2014-03-17 09:57:19
应该是合并轨迹文件吧,完整的轨迹文件得到后之间生成连续的PDB就可以了啊
5楼2014-03-16 17:50:11
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moye1991

新虫 (初入文坛)


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-03-17 18:47:56
引用回帖:
3楼: Originally posted by lisuperyao at 2014-03-11 16:12:50
可能是我学得不够
pdb还能当轨迹文件用?

不能,不能直接写,是我理解错了,只能连接trr文件
6楼2014-03-17 09:58:19
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