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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 关于gromacs续跑连接文件的问题
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moye1991

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于gromacs续跑连接文件的问题 已有4人参与

请教：gromacs MD开始先跑了50ns，然后用tpbconv命令又续跑了50ns，跑到了100ns，现在有两个trr文件，我把他们分别转化成了pdb合适的，现在想把两个pdb连在一起，用户trjcat命令，命令如下：trjcat -f a.pdb b.pdb -o new.pdb ,但是提示错误，错误为“Fatal error:
Can not write a pdb file without atom names
怎么回事呢？没办法这样连接？
我只是想得到全部100ns的pdb文件，整个的，还有更好的办法吗？
虚心求教！！感谢！！
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1楼 2014-03-10 17:05:24
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-10 19:21:07
moye1991: 金币+1, 呃，解决好了呢 2014-03-17 09:57:47
有意思额，在trjcat命令里没有能输出pdb文件的选项。能把你的trr文件拿过来看看不
2209687362
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gromacs
2楼2014-03-10 17:20:05
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lisuperyao

铁杆木虫 (职业作家)
★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 应助指数-1, 鼓励参与讨论，但非应助，请勿选择应助回帖！ 2014-03-11 18:46:55
可能是我学得不够
pdb还能当轨迹文件用？
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3楼2014-03-11 16:12:50
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2014-03-11 18:47:03
moye1991: 金币+2, ★有帮助, 恩恩，现在知道了，谢啦 2014-03-17 09:57:01
你可以直接把两个轨迹文件合并起来啊，
用cat命令：

cat   file1.trr   file2trr  > file—ok.trr
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4楼2014-03-11 17:08:42
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870277182

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
moye1991: 金币+2, 恩恩，是的，明白了 2014-03-17 09:57:19
应该是合并轨迹文件吧，完整的轨迹文件得到后之间生成连续的PDB就可以了啊
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5楼2014-03-16 17:50:11
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moye1991

新虫 (初入文坛)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-17 18:47:56
引用回帖:
3楼: Originally posted by lisuperyao at 2014-03-11 16:12:50
可能是我学得不够
pdb还能当轨迹文件用？

不能，不能直接写，是我理解错了，只能连接trr文件
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6楼2014-03-17 09:58:19
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