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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs蛋白计算结束后老是跑出盒子
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xueer小雯

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
转基因猴子: 金币+6, ★★★★★最佳答案 2014-04-04 07:02:04
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-04-07 10:06:01
引用回帖:
10楼: Originally posted by 转基因猴子 at 2014-04-02 21:40:51
也就是去掉pbc这项参数就可以了吗？
...

nonono
相反是得加这个参数，才能保证你的体系是在一个无限大的空间内重复，而你的模拟只是取了其中的一个而已。
蛋白没有跑出盒子的意思是它只是有一部分跑到了相邻的盒子里，这是不影响模拟的，因为每一个盒子里的原子数是没有变的。
所以说不影响你的模拟。
去除周期性边界是用trjconv这个命令实现周期性的纠正，这是我之前表达不准确。
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11楼2014-04-03 19:17:29
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转基因猴子

木虫 (正式写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by xueer小雯 at 2014-04-03 19:17:29
nonono
相反是得加这个参数，才能保证你的体系是在一个无限大的空间内重复，而你的模拟只是取了其中的一个而已。
蛋白没有跑出盒子的意思是它只是有一部分跑到了相邻的盒子里，这是不影响模拟的，因为每一个盒子 ...

既然不影响模拟结果为何还要用trjconv来纠正呢？

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我还年轻，我要上路！
12楼2014-04-04 07:01:38
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xueer小雯

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 应助指数+1, 鼓励交流！ 2014-04-07 10:06:13
引用回帖:
12楼: Originally posted by 转基因猴子 at 2014-04-04 07:01:38
既然不影响模拟结果为何还要用trjconv来纠正呢？
...

因为蛋白可能会跳在两个盒子之间，修正轨迹后才能在一个盒子里计算，修正是为了计算方便。否则例如跨盒子的两个原子之间的距离它可能告诉你的就变成了该盒子中这两个原子的距离，这时候就有了一个盒子的距离差，你要得到准确数据就得减去这个距离差，增加了运算难度。
若但计算能量，rmsd等则无碍。
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转基因猴子
13楼2014-04-04 10:10:16
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转基因猴子

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
13楼: Originally posted by xueer小雯 at 2014-04-04 10:10:16
因为蛋白可能会跳在两个盒子之间，修正轨迹后才能在一个盒子里计算，修正是为了计算方便。否则例如跨盒子的两个原子之间的距离它可能告诉你的就变成了该盒子中这两个原子的距离，这时候就有了一个盒子的距离差，你 ...

我明白了，非常感谢你的解答

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14楼2014-04-04 14:04:37
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QQ_Q_Q_QQ

新虫 (正式写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-07 10:06:20
comm_mode              = Linear
comm_grps              = Protein Non-protein
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15楼2014-04-04 14:48:02
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转基因猴子

木虫 (正式写手)
引用回帖:
15楼: Originally posted by QQ_Q_Q_QQ at 2014-04-04 14:48:02
comm_mode              = Linear
comm_grps              = Protein Non-protein

这两个参数指征什么意思？
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16楼2014-04-04 15:38:26
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QQ_Q_Q_QQ

新虫 (正式写手)
引用回帖:
16楼: Originally posted by 转基因猴子 at 2014-04-04 15:38:26
这两个参数指征什么意思？...

看手册
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17楼2014-04-04 16:35:00
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huyingdamon

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xulinan at 2014-04-01 22:13:54
跑出去也是正常的，反正有周期性边界条件在，你用trjconv 去周期后就好了，不会影响结果的

您好 看到你的帖子 我想问一下我模拟环糊精跟另一个小分子，NVT后发现这两个分子都有某些时候跑出了盒子，看到你对别人的回复说用trjconv 去周期就好了，我对gromacs还不深，所以没看懂，是NVT模拟之后再去除周期，然后跑NPT吗，还是去除周期后重跑NVT，那我MD模拟后也有分子跑出去，应该怎么办啊？说错的地方请谅解，谢谢哈
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18楼2014-06-27 13:18:05
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转基因猴子

木虫 (正式写手)
引用回帖:
18楼: Originally posted by huyingdamon at 2014-06-27 13:18:05
您好 看到你的帖子 我想问一下我模拟环糊精跟另一个小分子，NVT后发现这两个分子都有某些时候跑出了盒子，看到你对别人的回复说用trjconv 去周期就好了，我对gromacs还不深，所以没看懂，是NVT模拟之后再去除周期， ...

在mdp中加上pdb项
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19楼2014-06-27 13:30:10
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huyingdamon

银虫 (小有名气)
引用回帖:
19楼: Originally posted by 转基因猴子 at 2014-06-27 13:30:10
在mdp中加上pdb项...

:
20楼2014-06-27 15:51:42
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