| 查看: 4566 | 回复: 19 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
转基因猴子木虫 (正式写手)
|
[求助]
gromacs蛋白计算结束后老是跑出盒子 已有3人参与
|
|
|
最近使用gromacs对我的目的蛋白进行分子模拟。box使用cubic，直径为1.0，在350K下50ns蛋白跑出了盒子。然后把直径调整为1.5nm，50ns跑完后蛋白依旧跑出了盒子。这是为何呀？是不是我参数哪里设错了？ 下面附上我最后MD时的参数： title = Yo cpp = /usr/bin/cpp constraints = all-bonds integrator = md dt = 0.002 ; ps ! nsteps = 25000000 ; total 10 ps. nstxout = 2000 nstvout = 2000 nstfout = 0 nstlog = 2000 nstenergy = 2000 ns_type = grid rlist = 1.0 coulombtype = PME rcoulomb = 1.0 vdwtype = cut-off rvdw = 1.4 fourierspacing = 0.12 fourier_nx = 0 fourier_ny = 0 fourier_nz = 0 pme_order = 4 ewald_rtol = 1e-5 optimize_fft = yes ; Berendsen temperature coupling is on in two groups Tcoupl = v-rescale tc-grps = Protein non-protein tau_t = 0.1 0.1 ref_t = 450 450 ; Energy monitoring energygrps = Protein non-protein ; Pressure coupling is on Pcoupl = Parrinello-Rahman Pcoupltype = isotropic tau_p = 2 compressibility = 4.5e-5 ref_p = 1.0 ; Generate velocites is on at 450 K. gen_vel = yes gen_temp = 450.0 gen_seed = 173529 |
回复此楼» 猜你喜欢
初试 317
已经有3人回复
-
279分求调剂 一志愿211
已经有15人回复
-
286求调剂
已经有4人回复
-
279求调剂
已经有4人回复
-
求调剂
已经有3人回复
-
求调剂
已经有3人回复
-
299求调剂
已经有3人回复
-
330求调剂0854
已经有3人回复
-
299求调剂
已经有6人回复
-
286分人工智能专业请求调剂愿意跨考！
已经有5人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
xueer小雯
金虫 (初入文坛)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 2240.9
- 红花: 1
- 帖子: 36
- 在线: 359.1小时
- 虫号: 2318904
- 注册: 2013-03-05
- 专业: 药物设计与药物信息
转基因猴子13楼2014-04-04 10:10:16
xulinan
木虫 (小有名气)
- 应助: 24 (小学生)
- 金币: 2564.9
- 散金: 3
- 帖子: 145
- 在线: 96.3小时
- 虫号: 1123245
- 注册: 2010-10-15
- 性别: GG
- 专业: 微生物生理与生物化学
2楼2014-04-01 22:13:54
转基因猴子
木虫 (正式写手)
- 应助: 15 (小学生)
- 金币: 3791.5
- 散金: 29
- 红花: 4
- 帖子: 784
- 在线: 277.7小时
- 虫号: 450786
- 注册: 2007-11-04
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
3楼2014-04-02 06:12:11
xulinan
木虫 (小有名气)
- 应助: 24 (小学生)
- 金币: 2564.9
- 散金: 3
- 帖子: 145
- 在线: 96.3小时
- 虫号: 1123245
- 注册: 2010-10-15
- 性别: GG
- 专业: 微生物生理与生物化学
4楼2014-04-02 06:48:07
10