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ת»ùÒòºï×Ó

ľ³æ (ÕýʽдÊÖ)

[ÇóÖú] gromacsµ°°×¼ÆËã½áÊøºóÀÏÊÇÅܳöºÐ×Ó ÒÑÓÐ3È˲ÎÓë

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ÏÂÃæ¸½ÉÏÎÒ×îºóMDʱµÄ²ÎÊý£º
title               =  Yo
cpp                 =  /usr/bin/cpp
constraints         =  all-bonds
integrator          =  md
dt                  =  0.002        ; ps !
nsteps              =  25000000        ; total 10 ps.
nstxout             =  2000
nstvout             =  2000
nstfout             =  0
nstlog              =  2000
nstenergy           =  2000
ns_type             =  grid
rlist               =  1.0
coulombtype         =  PME
rcoulomb            =  1.0
vdwtype             =  cut-off
rvdw                =  1.4
fourierspacing      =  0.12
fourier_nx          =  0
fourier_ny          =  0
fourier_nz          =  0
pme_order           =  4
ewald_rtol          =  1e-5
optimize_fft        =  yes
; Berendsen temperature coupling is on in two groups
Tcoupl              =  v-rescale
tc-grps                    =  Protein        non-protein
tau_t               =  0.1        0.1
ref_t               =  450        450
; Energy monitoring
energygrps            =  Protein        non-protein
; Pressure coupling is on
Pcoupl              =  Parrinello-Rahman
Pcoupltype          =  isotropic
tau_p               =  2
compressibility     =  4.5e-5
ref_p               =  1.0
; Generate velocites is on at 450 K.
gen_vel             =  yes
gen_temp            =  450.0
gen_seed            =  173529
»Ø¸´´ËÂ¥

» ÊÕ¼±¾ÌûµÄÌÔÌûר¼­ÍƼö

MDs-Gromacs

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» ±¾Ö÷ÌâÏà¹ØÉ̼ÒÍÆ¼ö: (ÎÒÒ²ÒªÔÚÕâÀïÍÆ¹ã)

» ±¾Ö÷ÌâÏà¹Ø¼ÛÖµÌùÍÆ¼ö£¬¶ÔÄúͬÑùÓаïÖú:

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4Â¥2014-04-02 06:48:07
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xulinan

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ÔÂÖ»À¶: ½ð±Ò+1, ¹ÄÀø½»Á÷£¡ 2014-04-02 16:49:55
ת»ùÒòºï×Ó: ½ð±Ò+2, ¡ï¡ï¡ïºÜÓаïÖú 2014-04-04 07:02:25
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2Â¥2014-04-01 22:13:54
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2Â¥: Originally posted by xulinan at 2014-04-01 22:13:54
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aileen2010

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ÔÂÖ»À¶: ½ð±Ò+1, ¹ÄÀø½»Á÷£¡ 2014-04-02 16:50:02
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5Â¥2014-04-02 09:17:54
ÒÑÔÄ   »Ø¸´´ËÂ¥   ¹Ø×¢TA ¸øTA·¢ÏûÏ¢ ËÍTAºì»¨ TAµÄ»ØÌû
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[¿¼ÑÐ] Çóµ÷¼Á£¬×Ü·Ö315£¬¿¼µÄÉúÎïÒ½Ò©£¬Ò»Ö¾Ô¸ºþÄÏʦ·¶´óѧ¡£µ÷¼Áµ½ÈκÎרҵ¶¼¿ÉÒÔ +3 С¶¡Ïë½ø²½ 2026-03-11 3/150 2026-03-17 11:13 by ³öÃÅ´ò½´ÓÍÊÇÃÛÖ
[¿¼ÑÐ] ±¾ÈË¿¼085602 »¯Ñ§¹¤³Ì ר˶ +15 ²»ÖªµÀ½Ðʲô£¡ 2026-03-15 17/850 2026-03-17 10:13 by Sammy2
[¿¼ÑÐ] 08¹¤¿Æ 320×Ü·Ö Çóµ÷¼Á +3 À滨çóÍí·ç 2026-03-17 3/150 2026-03-17 09:04 by êÏêϵ÷¼ÁÉϰ¶
[¿¼ÑÐ] 304Çóµ÷¼Á +7 СÐÜjoy 2026-03-14 7/350 2026-03-17 08:53 by ÎíÉ¢ºóÏàÓölc
[¿¼ÑÐ] Ò»Ö¾Ô¸£¬¸£ÖÝ´óѧ²ÄÁÏר˶339·ÖÇóµ÷¼Á +3 ľ×ÓmomoÇàÕù 2026-03-15 3/150 2026-03-17 07:52 by laoshidan
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[¿¼ÑÐ] ҩѧ383 Çóµ÷¼Á +3 ҩѧchy 2026-03-15 4/200 2026-03-16 20:51 by Ôª×Ó^0^
[ÎÄѧ·¼²ÝÔ°] »ï°éÃÇ£¬×£ÎÒÉúÈÕ¿ìÀÖ°É +17 myrtle 2026-03-10 26/1300 2026-03-16 18:32 by Çà³ÈLn
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[¿¼ÑÐ] Çóµ÷¼Á£¨²ÄÁÏÓ뻯¹¤327£© +4 °®³ÔÏã²ËÀ² 2026-03-11 4/200 2026-03-13 22:11 by JourneyLucky
[¿¼ÑÐ] 289Çóµ÷¼Á +3 ÀîÕþÓ¨ 2026-03-12 3/150 2026-03-13 11:02 by Çóµ÷¼Ázz
[¿¼ÑÐ] 296Çóµ÷¼Á +3 ´ó¿Ú³Ô·¹ ÉíÌ彡 2026-03-13 3/150 2026-03-13 10:31 by ѧԱ8dgXkO
[¿¼²©] 26¶Á²© +4 Rui135246 2026-03-12 10/500 2026-03-13 07:15 by gaobiao
[¿¼ÑÐ] ´óÁ¬´óѧ»¯Ñ§×¨ÒµÑо¿Éúµ÷¼Á +3 ç÷¾Ã. 2026-03-10 8/400 2026-03-11 10:02 by ç÷¾Ã.
ÐÅÏ¢Ìáʾ
ÇëÌî´¦ÀíÒâ¼û