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gaogao2013

铜虫 (初入文坛)

[求助] gromacs主页的蛋白质与配体作用

看蛋白质与配体模拟，http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... ex/02_topology.html
首先将JZ4的蛋白文件找出，grep JZ4 3HTB_clean.pdb > JZ4.pdb，然后在3HTB_clean.pdb中删除了JZ4。运行下面的指令
pdb2gmx -f 3HTB_clean.pdb -o 3HTB_processed.gro -water spc
选完力场后，出现以下警告
there were 0 atoms with zero occupancy and 178 atoms with
occupancy unequal to one (out of 1364 atoms). Check your pdb file.
不知有懂的么，望指点！！
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fighting
1楼 2013-04-23 14:33:02
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974358979

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
麻烦问下，现在问题解决了吗？我运行的就没出现那个问题啊
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2楼2013-04-24 19:25:42
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gaogao2013

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 974358979 at 2013-04-24 19:25:42
麻烦问下，现在问题解决了吗？我运行的就没出现那个问题啊

还没有解决，更不解的是在往后面做的时候，添加例子是出现                   No line with moleculetype 'SOL' found the [ molecules ] section of file 'topol.top。但是我的top文件中是有SOL的，请问你们模拟是有遇到这个问题么，怎么解决的。
顺便问下又会做拉式图的吗？我用 g_rama -f md_400.xtc -s md_400.tpr -o rama.xvg 指令后，出来的rama.xvg绘图时出现的只有角坐标，没有能量。
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fighting
3楼2013-04-24 21:21:41
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974358979

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

抱歉，我是新手，也不是很清楚，只是我又运行了下，也没有出现你说的问题，是不是软件安装不正确啊？我用4.0的和4.6的都没有出现问题，应该和版本没关和软件有关吧？嘿嘿，我不是很确定，猜的
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4楼2013-04-26 10:20:21
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whl2dxl

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

楼主您好！ 一般出现这个问题都是因为力场文件与坐标文件不匹配造成的，或者是您的力场文件格式的错误。建议您对照说明书上的要求核对一下力场文件中是否有以下的问题
1  各个原子的类型和序号及残基的命名是否一一对应
2  力场文件中是否有遗漏的必要开关选项及其内容
3  力场文件中指定的原子数目与坐标文件是否匹配
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5楼2013-05-16 23:22:42
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whl2dxl

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

补充一下，你的GROMACS版本如果与例子的不一致，看一下Include的路径是否准确，就是按照例子给出的路径是否能够找到相应的文件
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6楼2013-05-16 23:25:19
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