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gaogao2013铜虫 (初入文坛)
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gromacs主页的蛋白质与配体作用
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看蛋白质与配体模拟，http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... ex/02_topology.html 首先将JZ4的蛋白文件找出，grep JZ4 3HTB_clean.pdb > JZ4.pdb，然后在3HTB_clean.pdb中删除了JZ4。运行下面的指令 pdb2gmx -f 3HTB_clean.pdb -o 3HTB_processed.gro -water spc 选完力场后，出现以下警告 there were 0 atoms with zero occupancy and 178 atoms with occupancy unequal to one (out of 1364 atoms). Check your pdb file. 不知有懂的么，望指点！！ |
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 Gromacs | MDs-Gromacs |
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2楼2013-04-24 19:25:42
gaogao2013
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