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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 请教关于gromacs计算单个氨基酸残基与配体相互作用能的问题
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870277182

铁虫 (小有名气)

[求助] 请教关于gromacs计算单个氨基酸残基与配体相互作用能的问题已有2人参与

通过mdrun -rerun之后们可以重跑出一个新的能量文件，相信做过的都知道，我就不说了。
问题是在用g_energy 分析能量的时候，会有coul-sr LJ-sr这些项，到底应该计算哪一个呢，比如说是精氨酸吧，带有正电荷，是不是说我就应该计算Coul-SR，而舍弃范德华力LJ-SR呢，而不带电荷的那些比如，色氨酸，苏氨酸是不是就只计算范德华力LJ，而不计算库仑力Coul呢？
求大神解答啊！！最近这个困扰好久了
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1楼2014-05-23 19:11:11
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870277182

铁虫 (小有名气)
没有大神来帮忙解答一下吗？还是没有这么算的啊
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2楼2014-05-27 19:32:00
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jianchen7882

金虫 (小有名气)
现在也在处理这方面的问题，同问，顶楼主
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莫问前程有归，但求今生无悔
3楼2014-05-29 17:32:34
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yulou2199

新虫 (小有名气)
同问
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4楼2014-06-12 18:52:18
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水儿CoCo

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

用一个index.ndx文件就可以啊，楼主，你把你要分析的选择到ndx文件里，再去分析就好了
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5楼2014-06-20 15:57:01
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zlf9452006

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

两者都要算，都是非键相互作用的组成部分。关键得定义好energy group，否责分子内的都包括进去了。

[ 发自小木虫客户端 ]
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6楼2014-06-20 22:41:01
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