| 查看: 2271 | 回复: 5 | ||
[求助]
请教关于gromacs计算单个氨基酸残基与配体相互作用能的问题 已有2人参与
|
|
通过mdrun -rerun之后们可以重跑出一个新的能量文件，相信做过的都知道，我就不说了。 问题是在用g_energy 分析能量的时候，会有coul-sr LJ-sr这些项，到底应该计算哪一个呢，比如说是精氨酸吧，带有正电荷，是不是说我就应该计算Coul-SR，而舍弃范德华力LJ-SR呢，而不带电荷的那些比如，色氨酸，苏氨酸是不是就只计算范德华力LJ，而不计算库仑力Coul呢？ 求大神解答啊！！最近这个困扰好久了 |
回复此楼» 猜你喜欢
一志愿985，本科211，0817化学工程与技术319求调剂
已经有4人回复
-
311求调剂
已经有6人回复
-
0703化学调剂 290分有科研经历，论文在投
已经有4人回复
-
化学工程321分求调剂
已经有6人回复
-
本人考085602 化学工程 专硕
已经有9人回复
-
材料与化工一志愿南昌大学327求调剂推荐
已经有7人回复
-
326求调剂
已经有3人回复
-
焦虑
已经有8人回复
-
308求调剂
已经有4人回复
-
NSFC申报书里申请人简历中代表性论著还需要在申报书最后的附件里面再上传一遍吗
已经有14人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- APG-1387新药据说是基于“蛋白-蛋白相互作用”的小分子细胞毒类抗肿瘤药。
已经有10人回复
- gromacs蛋白计算结束后老是跑出盒子
已经有19人回复
- 请教gromacs蛋白与小分子相互作用分析
已经有12人回复
- 用pymol软件怎样将蛋白的一个氨基酸残基替换为其他的残基
已经有8人回复
- 蛋白之间相互作用的残基及作用力
已经有3人回复
- 菜鸟求助。用gromacs的什么指令可以分析氢键能大小？
已经有6人回复
- 阴离子与氢键相互作用模拟
已经有3人回复
- 蛋白质与生物小分子相互作用
已经有5人回复
- gromacs中金属离子的处理
已经有6人回复
- 蛋白质同源模建求助！
已经有6人回复
- 如何多配体对接多蛋白？
已经有7人回复
- gromacs主页的蛋白质与配体作用
已经有5人回复
- 请教如何将下载下来的蛋白中的小分子配体删掉？
已经有13人回复
- gromacs 模拟NPT系宗出问题
已经有8人回复
- gromacs模拟分子在二氧化硅表面的吸附
已经有9人回复
- 添加氨基酸残基
已经有7人回复
- 关于熵变的计算，有人知道怎么计算大的体系的熵变吗？比如将近一千个残基的体系？
已经有11人回复
- 【求助】求一个gromacs的中文教程，包括安装的部分，小弟新手，从零学起
已经有8人回复
- 【求助】配体分子中的氨基酸在DS软件中无相匹配怎么办？
已经有5人回复
2楼2014-05-27 19:32:00
jianchen7882
金虫 (小有名气)
- 应助: 10 (幼儿园)
- 金币: 1404
- 红花: 2
- 帖子: 186
- 在线: 76.1小时
- 虫号: 2182099
- 注册: 2012-12-12
- 性别: GG
- 专业: 分离过程
3楼2014-05-29 17:32:34
yulou2199
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 574.3
- 帖子: 116
- 在线: 70.4小时
- 虫号: 896175
- 注册: 2009-11-07
- 性别: GG
- 专业: 食品科学基础
4楼2014-06-12 18:52:18
水儿CoCo
木虫 (小有名气)
- 应助: 12 (小学生)
- 金币: 2597.7
- 红花: 7
- 帖子: 120
- 在线: 96.8小时
- 虫号: 2718708
- 注册: 2013-10-12
- 性别: MM
- 专业: 药物化学
5楼2014-06-20 15:57:01
zlf9452006
金虫 (小有名气)
- 应助: 7 (幼儿园)
- 金币: 1365.7
- 散金: 539
- 红花: 3
- 帖子: 59
- 在线: 111.1小时
- 虫号: 587860
- 注册: 2008-08-22
- 专业: 理论和计算化学
6楼2014-06-20 22:41:01
