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请教关于gromacs计算单个氨基酸残基与配体相互作用能的问题 已有2人参与
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通过mdrun -rerun之后们可以重跑出一个新的能量文件，相信做过的都知道，我就不说了。 问题是在用g_energy 分析能量的时候，会有coul-sr LJ-sr这些项，到底应该计算哪一个呢，比如说是精氨酸吧，带有正电荷，是不是说我就应该计算Coul-SR，而舍弃范德华力LJ-SR呢，而不带电荷的那些比如，色氨酸，苏氨酸是不是就只计算范德华力LJ，而不计算库仑力Coul呢？ 求大神解答啊！！最近这个困扰好久了 |
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jianchen7882
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