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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 如何多配体对接多蛋白？
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yqx1985

木虫 (著名写手)

云中仙

[交流] 如何多配体对接多蛋白？ 已有4人参与

各位老鸟好，我没搞过分子对接，可能问题对你们来说会比较幼稚。
我现在手里有两个数据库，即配体数据库和受体数据库，我想知道：
1. 有什么软件可以对这两个库进行对接？
即依次将配体数据库中的配体与受体数据库中的每个受体进行对接，最好是批处理的形式。
如果不能实现上面的话，一个配体与多个受体对接也行，不知这样能实现不？
2. 我想要的对接结果是在无水环境中的，而不是溶液中的，这个可以实现不？
我不太清楚现在的对接方法是否会有媒介环境的限制，不过我需要的是看配体与受体在无水环境下的对接效果。
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人面不知何时去，桃花依旧笑春风
1楼 2013-07-01 22:04:51
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-07-02 18:36:34
1:多配体与多受体对接的软件好像没听说过，可以固定受体，筛选有活性的配体，软件有DOCK，Autodock，PYRX，DS，Gold等等
2：第二个问题等高手回复，呵呵
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2楼2013-07-02 08:49:46
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yqx1985

木虫 (著名写手)

云中仙
引用回帖:
2楼: Originally posted by longytu at 2013-07-02 08:49:46
1:多配体与多受体对接的软件好像没听说过，可以固定受体，筛选有活性的配体，软件有DOCK，Autodock，PYRX，DS，Gold等等
2：第二个问题等高手回复，呵呵

谢谢你的回答，顶顶
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人面不知何时去，桃花依旧笑春风
3楼2013-07-02 09:15:51
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lujunyan1118

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2013-07-02 18:36:46
1.最方便的办法是写个脚本，自动做对接。这样的话GOLD，autodock或者dock都可以。如果不想写脚本，DiscoveryStudio可以做，PipelinePilot也可以，不过要学起来估计比写脚本还麻烦

2.不知道你说的无水是什么含义。你把晶体结构中所有水都删去就可以了。但是很多对接的打分函数中间都隐式考虑了溶剂化效应。而且完全无水真空的情况下蛋白质小分子也都不稳定啊。
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4楼2013-07-02 12:06:58
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yqx1985

木虫 (著名写手)

云中仙
引用回帖:
4楼: Originally posted by lujunyan1118 at 2013-07-02 12:06:58
1.最方便的办法是写个脚本，自动做对接。这样的话GOLD，autodock或者dock都可以。如果不想写脚本，DiscoveryStudio可以做，PipelinePilot也可以，不过要学起来估计比写脚本还麻烦

2.不知道你说的无水是什么含义。 ...

谢谢你的回答，第一个问题我明白了。
第二问题我的意思是，我拟合的配体和受体是在空气中发生作用的。所以我不清楚这种环境下的分子对接是否有所讲究。
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人面不知何时去，桃花依旧笑春风
5楼2013-07-02 12:40:02
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勿忘心安2017

新虫 (初入文坛)
看看

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6楼2017-02-19 14:35:23
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勿忘心安2017

新虫 (初入文坛)
★
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第一个问题你解决了吗？亲

发自小木虫IOS客户端
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7楼2017-02-19 14:35:52
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JIANGWENJUN

新虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
用过sybyl做对接，曾经和你一样想两个数据库做对接，后来发现sybyl做不出来，不知道其他能不能。然后一个对多个做出来了！

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8楼2017-02-22 15:11:12
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