应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 如何多配体对接多蛋白？
81/1返回列表
查看: 3049  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

yqx1985

木虫 (著名写手)

云中仙

[交流] 如何多配体对接多蛋白？ 已有4人参与

各位老鸟好，我没搞过分子对接，可能问题对你们来说会比较幼稚。
我现在手里有两个数据库，即配体数据库和受体数据库，我想知道：
1. 有什么软件可以对这两个库进行对接？
即依次将配体数据库中的配体与受体数据库中的每个受体进行对接，最好是批处理的形式。
如果不能实现上面的话，一个配体与多个受体对接也行，不知这样能实现不？
2. 我想要的对接结果是在无水环境中的，而不是溶液中的，这个可以实现不？
我不太清楚现在的对接方法是否会有媒介环境的限制，不过我需要的是看配体与受体在无水环境下的对接效果。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
人面不知何时去，桃花依旧笑春风
1楼 2013-07-01 22:04:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longytu

捐助贵宾 (正式写手)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-07-02 18:36:34
1:多配体与多受体对接的软件好像没听说过，可以固定受体，筛选有活性的配体，软件有DOCK，Autodock，PYRX，DS，Gold等等
2：第二个问题等高手回复，呵呵
赞一下 回复此楼
2楼2013-07-02 08:49:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yqx1985

木虫 (著名写手)

云中仙
引用回帖:
2楼: Originally posted by longytu at 2013-07-02 08:49:46
1:多配体与多受体对接的软件好像没听说过，可以固定受体，筛选有活性的配体，软件有DOCK，Autodock，PYRX，DS，Gold等等
2：第二个问题等高手回复，呵呵

谢谢你的回答，顶顶
赞一下 回复此楼
人面不知何时去，桃花依旧笑春风
3楼2013-07-02 09:15:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lujunyan1118

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2013-07-02 18:36:46
1.最方便的办法是写个脚本，自动做对接。这样的话GOLD，autodock或者dock都可以。如果不想写脚本，DiscoveryStudio可以做，PipelinePilot也可以，不过要学起来估计比写脚本还麻烦

2.不知道你说的无水是什么含义。你把晶体结构中所有水都删去就可以了。但是很多对接的打分函数中间都隐式考虑了溶剂化效应。而且完全无水真空的情况下蛋白质小分子也都不稳定啊。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2013-07-02 12:06:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yqx1985

木虫 (著名写手)

云中仙
引用回帖:
4楼: Originally posted by lujunyan1118 at 2013-07-02 12:06:58
1.最方便的办法是写个脚本，自动做对接。这样的话GOLD，autodock或者dock都可以。如果不想写脚本，DiscoveryStudio可以做，PipelinePilot也可以，不过要学起来估计比写脚本还麻烦

2.不知道你说的无水是什么含义。 ...

谢谢你的回答，第一个问题我明白了。
第二问题我的意思是，我拟合的配体和受体是在空气中发生作用的。所以我不清楚这种环境下的分子对接是否有所讲究。
赞一下 回复此楼
人面不知何时去，桃花依旧笑春风
5楼2013-07-02 12:40:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

勿忘心安2017

新虫 (初入文坛)
看看

发自小木虫IOS客户端
回复此楼
6楼2017-02-19 14:35:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

勿忘心安2017

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
第一个问题你解决了吗？亲

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
7楼2017-02-19 14:35:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

JIANGWENJUN

新虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
用过sybyl做对接，曾经和你一样想两个数据库做对接，后来发现sybyl做不出来，不知道其他能不能。然后一个对多个做出来了！

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
8楼2017-02-22 15:11:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 yqx1985 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 3/150 2026-09-14 18:01 by Aj1rhIDL5ixY
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 4/200 2026-09-14 17:49 by Aj1rhIDL5ixY
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 4/200 2026-09-14 17:48 by Aj1rhIDL5ixY
[考博] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 4/200 2026-09-14 17:25 by Aj1rhIDL5ixY
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 5/250 2026-09-14 16:25 by Aj1rhIDL5ixY
[考研] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 4/200 2026-09-14 16:12 by Aj1rhIDL5ixY
[找工作] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-14 16:00 by Aj1rhIDL5ixY
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-14 15:48 by Aj1rhIDL5ixY
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-14 15:45 by Aj1rhIDL5ixY
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 6/300 2026-09-14 15:21 by Aj1rhIDL5ixY
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 3/150 2026-09-14 15:09 by Aj1rhIDL5ixY
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 4/200 2026-09-14 15:01 by Aj1rhIDL5ixY
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 6/300 2026-09-14 15:00 by Aj1rhIDL5ixY
[基金申请] 求教各位大神：2026教育部人文社科青年基金项目何时公示呀？ +5 云宴山人 2026-09-10 7/350 2026-09-14 12:11 by ecnu2013
[找工作] 浙江师范大学是怎么坑我的 +6 recruit123 2026-09-09 6/300 2026-09-14 12:00 by 萨仁其其格
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 3/150 2026-09-14 10:11 by 23jxep3nCNZb
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 4/200 2026-09-14 10:01 by 23jxep3nCNZb
[考博] 西北工业大学材料学院电化学传感与催化课题组招收2027年推免研究生、博士生、博士后 +3 马方园 2026-09-10 4/200 2026-09-14 09:29 by Chem张zz
[教师之家] 浙江师范大学是怎么坑我的 +10 recruit123 2026-09-09 15/750 2026-09-13 10:45 by seaskyy
[基金申请] 面上有专家说实验设备不是我们单位的 +6 zj_muchong 2026-09-08 8/400 2026-09-11 06:56 by suifengdao
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭