24小时热门版块排行榜    

查看: 2990  |  回复: 7
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

yqx1985

木虫 (著名写手)

云中仙

[交流] 如何多配体对接多蛋白? 已有4人参与

各位老鸟好,我没搞过分子对接,可能问题对你们来说会比较幼稚。
我现在手里有两个数据库,即配体数据库和受体数据库,我想知道:
1. 有什么软件可以对这两个库进行对接?
即依次将配体数据库中的配体与受体数据库中的每个受体进行对接,最好是批处理的形式。
如果不能实现上面的话,一个配体与多个受体对接也行,不知这样能实现不?
2. 我想要的对接结果是在无水环境中的,而不是溶液中的,这个可以实现不?
我不太清楚现在的对接方法是否会有媒介环境的限制,不过我需要的是看配体与受体在无水环境下的对接效果。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

人面不知何时去,桃花依旧笑春风
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

勿忘心安2017

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
第一个问题你解决了吗?亲

发自小木虫IOS客户端
7楼2017-02-19 14:35:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

longytu

捐助贵宾 (正式写手)


★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-07-02 18:36:34
1:多配体与多受体对接的软件好像没听说过,可以固定受体,筛选有活性的配体,软件有DOCK,Autodock,PYRX,DS,Gold等等
2:第二个问题等高手回复,呵呵
2楼2013-07-02 08:49:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yqx1985

木虫 (著名写手)

云中仙

引用回帖:
2楼: Originally posted by longytu at 2013-07-02 08:49:46
1:多配体与多受体对接的软件好像没听说过,可以固定受体,筛选有活性的配体,软件有DOCK,Autodock,PYRX,DS,Gold等等
2:第二个问题等高手回复,呵呵

谢谢你的回答,顶顶
人面不知何时去,桃花依旧笑春风
3楼2013-07-02 09:15:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lujunyan1118

金虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2013-07-02 18:36:46
1.最方便的办法是写个脚本,自动做对接。这样的话GOLD,autodock或者dock都可以。如果不想写脚本,DiscoveryStudio可以做,PipelinePilot也可以,不过要学起来估计比写脚本还麻烦

2.不知道你说的无水是什么含义。你把晶体结构中所有水都删去就可以了。但是很多对接的打分函数中间都隐式考虑了溶剂化效应。而且完全无水真空的情况下蛋白质小分子也都不稳定啊。
4楼2013-07-02 12:06:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 科研孤儿太难了 +21 我4大白菜 2026-08-20 22/1100 2026-08-26 11:29 by nlgza
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +4 叶九微 2026-08-26 4/200 2026-08-26 10:52 by xiacongxu
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 出来了 +8 trojank 2026-08-26 8/400 2026-08-26 09:00 by gxc
[基金申请] 国合现在查不到了吗? +10 chengyan1220 2026-08-24 20/1000 2026-08-26 08:57 by peasantsprig
[基金申请] 牛来!米来!面来! +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 明天应该可查了!? +6 chengyan1220 2026-08-23 6/300 2026-08-25 19:45 by zfd97
[基金申请] 有没有大神帮我看看基金代码 28+4 1234567wang 2026-08-24 10/500 2026-08-25 19:15 by lfy8008
[基金申请] 放榜前的不淡定 20+4 snowwithsea 2026-08-19 19/950 2026-08-25 17:57 by chick875
[基金申请] 某些机构,以效率低为荣,以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
[基金申请] 今日不放榜?网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +17 医学老男孩 2026-08-20 22/1100 2026-08-25 15:36 by 医学老男孩
[基金申请] 人气不行了 +11 fansofjerry 2026-08-21 11/550 2026-08-25 11:04 by 孤独的英雄6
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +13 kulium 2026-08-21 16/800 2026-08-24 16:27 by superceng
[基金申请] 让我中一个面上吧! +13 大萍1987 2026-08-20 16/800 2026-08-24 10:23 by 太傻了
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办? +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 时间戳今天,20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 看来今天不会放榜了? +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
信息提示
请填处理意见