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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】分子对接后如何计算配体小分子和受体蛋白质相应残基的平面角、面心距、点面距
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maguanjun

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】分子对接后如何计算配体小分子和受体蛋白质相应残基的平面角、面心距、点面距

最近用GOLD软件对接后，如何计算配体小分子和受体蛋白质相应残基的平面角、面心距、点面距离等。GOLD自带的观察显示软件好像没有这些功能，期望各位大侠不吝赐教！拜谢！
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1楼2010-11-15 21:40:46
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caixin5120

木虫 (正式写手)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-12-10 10:44:05
maguanjun(金币+10): 2010-12-29 16:01:58
你能说下为什么你想计算这些东西吗？ sybyl可以完成你想要的计算
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2楼2010-12-10 01:13:05
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houxuben

木虫 (正式写手)
★
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-12-19 23:03:07
maguanjun(金币+10): 2010-12-29 16:04:10
是不是作图用？可以考虑把对完的final构象导入到sybyl等软件中分析
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3楼2010-12-19 18:28:20
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maguanjun

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by maguanjun at 2010-11-15 21:40:46:
最近用GOLD软件对接后，如何计算配体小分子和受体蛋白质相应残基的平面角、面心距、点面距离等。GOLD自带的观察显示软件好像没有这些功能，期望各位大侠不吝赐教！拜谢！

小分子配体和蛋白质对接后，想要具体量化描述两者的相互作用，主要是距离，角度等，
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4楼2010-12-29 16:03:51
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maguanjun

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by caixin5120 at 2010-12-10 01:13:05:
你能说下为什么你想计算这些东西吗？ sybyl可以完成你想要的计算

小分子配体和蛋白质对接后，想要具体量化描述两者的相互作用，主要是距离，角度等
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5楼2010-12-29 16:05:40
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maguanjun

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by houxuben at 2010-12-19 18:28:20:
是不是作图用？可以考虑把对完的final构象导入到sybyl等软件中分析

在sybyl中，好像只能在同一个分子中计算距离，角度等，但是我的对接结果产生两个分子——配体和蛋白质。在sybyl中不知道怎么计算，恳请大侠赐教啊
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6楼2010-12-29 16:08:15
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-12-30 09:53:20
maguanjun(金币+10): 2011-01-20 14:50:13
引用回帖:
Originally posted by maguanjun at 2010-12-29 16:05:40:



小分子配体和蛋白质对接后，想要具体量化描述两者的相互作用，主要是距离，角度等

我只知道INsightII中的"measure"命令就可以满足你的要求，这些都有。我相信sybyl也有此功能。
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7楼2010-12-29 19:58:45
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lixiaolin530

银虫 (正式写手)
maguanjun(金币+10): 2011-01-20 14:50:22
我在sybyl里 也还没找到 希望有朋友能解答
祝楼主好运
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8楼2011-01-12 20:34:50
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chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集》
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9楼2011-09-05 19:55:09
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