应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】分子对接后如何计算配体小分子和受体蛋白质相应残基的平面角、面心距、点面距
91/1返回列表
查看: 3081  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

maguanjun

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】分子对接后如何计算配体小分子和受体蛋白质相应残基的平面角、面心距、点面距

最近用GOLD软件对接后，如何计算配体小分子和受体蛋白质相应残基的平面角、面心距、点面距离等。GOLD自带的观察显示软件好像没有这些功能，期望各位大侠不吝赐教！拜谢！
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子对接问题锦集

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2010-11-15 21:40:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caixin5120

木虫 (正式写手)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-12-10 10:44:05
maguanjun(金币+10): 2010-12-29 16:01:58
你能说下为什么你想计算这些东西吗？ sybyl可以完成你想要的计算
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2010-12-10 01:13:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

houxuben

木虫 (正式写手)
★
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-12-19 23:03:07
maguanjun(金币+10): 2010-12-29 16:04:10
是不是作图用？可以考虑把对完的final构象导入到sybyl等软件中分析
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2010-12-19 18:28:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

maguanjun

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by maguanjun at 2010-11-15 21:40:46:
最近用GOLD软件对接后，如何计算配体小分子和受体蛋白质相应残基的平面角、面心距、点面距离等。GOLD自带的观察显示软件好像没有这些功能，期望各位大侠不吝赐教！拜谢！

小分子配体和蛋白质对接后，想要具体量化描述两者的相互作用，主要是距离，角度等，
赞一下 回复此楼
4楼2010-12-29 16:03:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

maguanjun

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by caixin5120 at 2010-12-10 01:13:05:
你能说下为什么你想计算这些东西吗？ sybyl可以完成你想要的计算

小分子配体和蛋白质对接后，想要具体量化描述两者的相互作用，主要是距离，角度等
赞一下 回复此楼
5楼2010-12-29 16:05:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

maguanjun

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by houxuben at 2010-12-19 18:28:20:
是不是作图用？可以考虑把对完的final构象导入到sybyl等软件中分析

在sybyl中，好像只能在同一个分子中计算距离，角度等，但是我的对接结果产生两个分子——配体和蛋白质。在sybyl中不知道怎么计算，恳请大侠赐教啊
赞一下 回复此楼
6楼2010-12-29 16:08:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-12-30 09:53:20
maguanjun(金币+10): 2011-01-20 14:50:13
引用回帖:
Originally posted by maguanjun at 2010-12-29 16:05:40:



小分子配体和蛋白质对接后，想要具体量化描述两者的相互作用，主要是距离，角度等

我只知道INsightII中的"measure"命令就可以满足你的要求，这些都有。我相信sybyl也有此功能。
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2010-12-29 19:58:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lixiaolin530

银虫 (正式写手)
maguanjun(金币+10): 2011-01-20 14:50:22
我在sybyl里 也还没找到 希望有朋友能解答
祝楼主好运
赞一下 回复此楼
8楼2011-01-12 20:34:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集》
赞一下 回复此楼
9楼2011-09-05 19:55:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 maguanjun 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭