应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】分子对接后如何计算配体小分子和受体蛋白质相应残基的平面角、面心距、点面距
91/1返回列表
查看: 3132  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

maguanjun

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】分子对接后如何计算配体小分子和受体蛋白质相应残基的平面角、面心距、点面距

最近用GOLD软件对接后，如何计算配体小分子和受体蛋白质相应残基的平面角、面心距、点面距离等。GOLD自带的观察显示软件好像没有这些功能，期望各位大侠不吝赐教！拜谢！
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子对接问题锦集

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2010-11-15 21:40:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caixin5120

木虫 (正式写手)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-12-10 10:44:05
maguanjun(金币+10): 2010-12-29 16:01:58
你能说下为什么你想计算这些东西吗？ sybyl可以完成你想要的计算
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2010-12-10 01:13:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

houxuben

木虫 (正式写手)
★
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-12-19 23:03:07
maguanjun(金币+10): 2010-12-29 16:04:10
是不是作图用？可以考虑把对完的final构象导入到sybyl等软件中分析
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2010-12-19 18:28:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

maguanjun

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by maguanjun at 2010-11-15 21:40:46:
最近用GOLD软件对接后，如何计算配体小分子和受体蛋白质相应残基的平面角、面心距、点面距离等。GOLD自带的观察显示软件好像没有这些功能，期望各位大侠不吝赐教！拜谢！

小分子配体和蛋白质对接后，想要具体量化描述两者的相互作用，主要是距离，角度等，
赞一下 回复此楼
4楼2010-12-29 16:03:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

maguanjun

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by caixin5120 at 2010-12-10 01:13:05:
你能说下为什么你想计算这些东西吗？ sybyl可以完成你想要的计算

小分子配体和蛋白质对接后，想要具体量化描述两者的相互作用，主要是距离，角度等
赞一下 回复此楼
5楼2010-12-29 16:05:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

maguanjun

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by houxuben at 2010-12-19 18:28:20:
是不是作图用？可以考虑把对完的final构象导入到sybyl等软件中分析

在sybyl中，好像只能在同一个分子中计算距离，角度等，但是我的对接结果产生两个分子——配体和蛋白质。在sybyl中不知道怎么计算，恳请大侠赐教啊
赞一下 回复此楼
6楼2010-12-29 16:08:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-12-30 09:53:20
maguanjun(金币+10): 2011-01-20 14:50:13
引用回帖:
Originally posted by maguanjun at 2010-12-29 16:05:40:



小分子配体和蛋白质对接后，想要具体量化描述两者的相互作用，主要是距离，角度等

我只知道INsightII中的"measure"命令就可以满足你的要求，这些都有。我相信sybyl也有此功能。
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2010-12-29 19:58:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lixiaolin530

银虫 (正式写手)
maguanjun(金币+10): 2011-01-20 14:50:22
我在sybyl里 也还没找到 希望有朋友能解答
祝楼主好运
赞一下 回复此楼
8楼2011-01-12 20:34:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集》
赞一下 回复此楼
9楼2011-09-05 19:55:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 maguanjun 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求老师收留调剂 +4 jiang姜66 2026-03-14 5/250 2026-03-15 20:11 by Winj1e
[考研] 22408总分284求调剂 +3 InAspic 2026-03-13 3/150 2026-03-15 11:10 by zhq0425
[基金申请] 现在如何回避去年的某一个专家，不知道名字 +3 zk200107 2026-03-12 6/300 2026-03-14 17:13 by zk200107
[考研] 290求调剂 +4 @将就将就看 2026-03-10 8/400 2026-03-14 14:23 by 千千运气
[考研] 211本，11408一志愿中科院277分，曾在中科院自动化所实习 +3 Losir 2026-03-12 3/150 2026-03-14 12:11 by 热情沙漠
[考研] 330求调剂 +3 ?酱给调剂跪了 2026-03-13 3/150 2026-03-14 10:13 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +3 清风问长安 2026-03-09 3/150 2026-03-14 02:15 by JourneyLucky
[考研] 材料工程专硕，一志愿中国矿业大学，总分314，求调剂 +5 无懈可击的巨人 2026-03-10 5/250 2026-03-14 00:37 by JourneyLucky
[考研] 311求调剂 +8 zchqwer 2026-03-10 8/400 2026-03-14 00:01 by JourneyLucky
[考研] 085600调剂 +5 漾漾123sun 2026-03-12 5/250 2026-03-13 22:06 by 星空星月
[考研] 材料工程调剂 +9 咪咪空空 2026-03-12 9/450 2026-03-13 22:05 by 星空星月
[考研] （081700）化学工程与技术-298分求调剂 +12 11啦啦啦 2026-03-11 35/1750 2026-03-13 21:25 by JourneyLucky
[考研] 考研调剂 +4 芬达46 2026-03-12 4/200 2026-03-13 16:04 by ruiyingmiao
[考研] 材料301分求调剂 +5 Liyouyumairs 2026-03-12 5/250 2026-03-13 14:42 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 资源与环境 285 +3 未名考生 2026-03-10 3/150 2026-03-13 10:31 by houyaoxu
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +3 崔wj 2026-03-12 4/200 2026-03-12 19:33 by 求调剂zz
[考研] 纺织、生物、化学、材料相关专业招生了 +4 耶耶业 2026-03-09 7/350 2026-03-12 19:05 by Equinoxhua
[考研] 大连大学化学专业研究生调剂 +3 琪久. 2026-03-10 8/400 2026-03-11 10:02 by 琪久.
[考研] 化工0817调剂 +8 灿若星晨 2026-03-10 8/400 2026-03-10 22:44 by 星空星月
[考研] 327分求调剂086 +4 西红柿?小帅 2026-03-09 7/350 2026-03-10 14:47 by ruiyingmiao
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭