应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】分子对接后如何计算配体小分子和受体蛋白质相应残基的平面角、面心距、点面距
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
91/1返回列表
查看: 3152  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

maguanjun

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】分子对接后如何计算配体小分子和受体蛋白质相应残基的平面角、面心距、点面距

最近用GOLD软件对接后，如何计算配体小分子和受体蛋白质相应残基的平面角、面心距、点面距离等。GOLD自带的观察显示软件好像没有这些功能，期望各位大侠不吝赐教！拜谢！
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子对接问题锦集

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2010-11-15 21:40:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caixin5120

木虫 (正式写手)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-12-10 10:44:05
maguanjun(金币+10): 2010-12-29 16:01:58
你能说下为什么你想计算这些东西吗？ sybyl可以完成你想要的计算
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2010-12-10 01:13:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

houxuben

木虫 (正式写手)
★
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-12-19 23:03:07
maguanjun(金币+10): 2010-12-29 16:04:10
是不是作图用？可以考虑把对完的final构象导入到sybyl等软件中分析
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2010-12-19 18:28:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

maguanjun

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by maguanjun at 2010-11-15 21:40:46:
最近用GOLD软件对接后，如何计算配体小分子和受体蛋白质相应残基的平面角、面心距、点面距离等。GOLD自带的观察显示软件好像没有这些功能，期望各位大侠不吝赐教！拜谢！

小分子配体和蛋白质对接后，想要具体量化描述两者的相互作用，主要是距离，角度等，
赞一下 回复此楼
4楼2010-12-29 16:03:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

maguanjun

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by caixin5120 at 2010-12-10 01:13:05:
你能说下为什么你想计算这些东西吗？ sybyl可以完成你想要的计算

小分子配体和蛋白质对接后，想要具体量化描述两者的相互作用，主要是距离，角度等
赞一下 回复此楼
5楼2010-12-29 16:05:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

maguanjun

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by houxuben at 2010-12-19 18:28:20:
是不是作图用？可以考虑把对完的final构象导入到sybyl等软件中分析

在sybyl中，好像只能在同一个分子中计算距离，角度等，但是我的对接结果产生两个分子——配体和蛋白质。在sybyl中不知道怎么计算，恳请大侠赐教啊
赞一下 回复此楼
6楼2010-12-29 16:08:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-12-30 09:53:20
maguanjun(金币+10): 2011-01-20 14:50:13
引用回帖:
Originally posted by maguanjun at 2010-12-29 16:05:40:



小分子配体和蛋白质对接后，想要具体量化描述两者的相互作用，主要是距离，角度等

我只知道INsightII中的"measure"命令就可以满足你的要求，这些都有。我相信sybyl也有此功能。
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2010-12-29 19:58:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lixiaolin530

银虫 (正式写手)
maguanjun(金币+10): 2011-01-20 14:50:22
我在sybyl里 也还没找到 希望有朋友能解答
祝楼主好运
赞一下 回复此楼
8楼2011-01-12 20:34:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集》
赞一下 回复此楼
9楼2011-09-05 19:55:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 maguanjun 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085701环境工程求调剂 +9 多久上课 2026-03-27 9/450 2026-03-28 03:58 by fmesaito
[考研] 0703化学求调剂，各位老师看看我！！！ +5 祁祺祺 2026-03-25 5/250 2026-03-27 21:44 by 东方猪猪
[考研] 070300化学求调剂 +4 起个名咋这么难 2026-03-27 4/200 2026-03-27 21:39 by 83503孙老师
[考研] 材料与化工085600，总分304，本科有两篇sci参与，求调剂 +10 幸运的酱酱 2026-03-22 12/600 2026-03-27 16:08 by muchong357
[考研] 一志愿陕师大生物学071000，298分，求调剂 +5 SYA！ 2026-03-23 5/250 2026-03-27 09:29 by 不吃魚的貓
[考研] 343求调剂 +4 赠我一本书 2026-03-23 4/200 2026-03-27 00:40 by wxiongid
[考研] 321求调剂 +6 Ymlll 2026-03-24 6/300 2026-03-26 20:50 by 不吃魚的貓
[考研] 生物学 296 求调剂 +4 朵朵- 2026-03-26 6/300 2026-03-26 19:01 by 不吃魚的貓
[考研] 生物学学硕，一志愿湖南大学，初试成绩338 +4 YYYYYNNNNN 2026-03-26 4/200 2026-03-26 19:00 by macy2011
[考研] 一志愿 南京邮电大学 288分 材料考研 求调剂 +3 jl0720 2026-03-26 3/150 2026-03-26 13:39 by zzll406
[考研] 303求调剂 +6 蓝山月 2026-03-25 6/300 2026-03-25 22:47 by 418490947
[考研] 290分调剂求助 +3 吉祥止止陈 2026-03-25 3/150 2026-03-25 19:58 by barlinike
[考研] 0854电子信息求调剂 +7 α____ 2026-03-22 9/450 2026-03-25 13:37 by α____
[考研] 347求调剂 +4 L when 2026-03-25 4/200 2026-03-25 13:37 by cocolv
[考研] 一志愿北化315 求调剂 +3 akrrain 2026-03-24 3/150 2026-03-24 19:35 by 了了了了。。
[考研] 材料专硕331求调剂 +4 鲜当牛 2026-03-24 4/200 2026-03-24 15:58 by JourneyLucky
[考研] 277分求调剂，跨调材料 +3 考研调剂lxh 2026-03-24 3/150 2026-03-24 13:52 by JourneyLucky
[考研] 341求调剂(一志愿湖南大学070300) +5 番茄头--- 2026-03-22 6/300 2026-03-23 23:45 by Txy@872106
[考研] 工科0856求调剂 +5 沐析汀汀 2026-03-21 5/250 2026-03-23 17:56 by 海瑟薇-
[考研] 求调剂 +3 .m.. 2026-03-21 4/200 2026-03-21 16:25 by barlinike
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭