24小时热门版块排行榜    

查看: 3375  |  回复: 8
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

maguanjun

金虫 (正式写手)


[交流] 【求助】分子对接后如何计算配体小分子和受体蛋白质相应残基的平面角、面心距、点面距

最近用GOLD软件对接后,如何计算配体小分子和受体蛋白质相应残基的平面角、面心距、点面距离等。GOLD自带的观察显示软件好像没有这些功能,期望各位大侠不吝赐教!拜谢!
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子对接问题锦集

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

» 抢金币啦!回帖就可以得到:

查看全部散金贴

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

maguanjun

金虫 (正式写手)


引用回帖:
Originally posted by houxuben at 2010-12-19 18:28:20:
是不是作图用?可以考虑把对完的final构象导入到sybyl等软件中分析

在sybyl中,好像只能在同一个分子中计算距离,角度等,但是我的对接结果产生两个分子——配体和蛋白质。在sybyl中不知道怎么计算,恳请大侠赐教啊
6楼2010-12-29 16:08:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

caixin5120

木虫 (正式写手)



ghcacj(金币+1):谢谢 2010-12-10 10:44:05
maguanjun(金币+10): 2010-12-29 16:01:58
你能说下为什么你想计算这些东西吗? sybyl可以完成你想要的计算
2楼2010-12-10 01:13:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

houxuben

木虫 (正式写手)



zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-12-19 23:03:07
maguanjun(金币+10): 2010-12-29 16:04:10
是不是作图用?可以考虑把对完的final构象导入到sybyl等软件中分析
3楼2010-12-19 18:28:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

maguanjun

金虫 (正式写手)


引用回帖:
Originally posted by maguanjun at 2010-11-15 21:40:46:
最近用GOLD软件对接后,如何计算配体小分子和受体蛋白质相应残基的平面角、面心距、点面距离等。GOLD自带的观察显示软件好像没有这些功能,期望各位大侠不吝赐教!拜谢!

小分子配体和蛋白质对接后,想要具体量化描述两者的相互作用,主要是距离,角度等,
4楼2010-12-29 16:03:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 澳大利亚 Murdoch University 全奖博士招生(3个名额)地质化工冶金领域 +49 AI8RaGaPaSCR 2026-08-07 52/2600 2026-08-14 02:45 by UtGh7DIDTbJZ
[基金申请] 我的国基提前知道中了,可是同事的操作让我实在接受不了,怎么会有这样的人 +10 家与远方 2026-08-10 15/750 2026-08-14 02:08 by 绵羊哥哥
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +9 majunge000 2026-08-10 12/600 2026-08-13 23:20 by iwuli
[文学芳草园] 阿姨 +4 汪汪锅 2026-08-09 4/200 2026-08-13 19:43 by arzu_hma
[硕博家园] 一作与独作在应聘高校教师时区别大吗 +3 mbygzh 2026-08-08 4/200 2026-08-13 19:31 by 龙-樱
[基金申请] 有时候,自然基金真的不能太认真 (我的申报经验) +4 majunge000 2026-08-11 6/300 2026-08-13 16:50 by 四季常青藤
[基金申请] filecode +14 documentary 2026-08-10 16/800 2026-08-13 16:39 by 润生71
[基金申请] 重要来源:本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] 结合人工智能,周易传统文化,filecode打分制来了,3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见,大家看看几个A,几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +22 Lanmanbaby 2026-08-09 36/1800 2026-08-12 22:50 by sdfapple719
[基金申请] 好奇怪的filecode +5 布布和一二 2026-08-08 6/300 2026-08-12 16:11 by 云上清扬
[论文投稿] 职称评审,求友友推荐见刊最快的期刊 +4 工厂打螺丝 2026-08-08 4/200 2026-08-12 09:18 by hansi2025
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 什么时候出结果,有咨询渠道??? +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 关于代码变化问题,想知道的进来 +17 且听虎啸 2026-08-07 24/1200 2026-08-10 18:35 by zhangduo2008
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +11 布布和一二 2026-08-08 22/1100 2026-08-10 11:10 by wmfsnow
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +5 西山十月 2026-08-09 7/350 2026-08-10 07:32 by 仁砚薪传
信息提示
请填处理意见