| 查看: 6326 | 回复: 11 | |||||
| 本帖产生 1 个 模拟EPI ，点击这里进行查看 | |||||
robertpeter2005木虫 (正式写手)
|
[交流]
关于熵变的计算，有人知道怎么计算大的体系的熵变吗？比如将近一千个残基的体系？ 已有6人参与
|
||||
|
关于熵变的计算，有人知道怎么计算大的体系的熵变吗？比如将近一千个残基的体系？原来在分子模拟论坛上看到有人说，可以减小大体系的尺寸来计算熵变，找到一个人问了一下，结果人家不愿意说，没空搭理我，郁闷，我有个体系急需算熵来分析构象的变化，请问大家有谁知道如何计算大体系的熵变啊？如果可以减小体系尺寸到300个残基以内，那具体该如何操作啊？我也没有见到过这样的文献，大家有见过的吗？听说可以把轨迹文件里面不相关的残基删除再保存，然后用来算熵，是用什么软件啊？vmd?这个问题困扰好长时间了，还望各位高人能帮忙想想办法，在此先谢谢了！！！ 另外有用ONIOM做QM/MM的人吗？我做了一个输入文件，但是计算的时候显示硫原子没有参数？进行不下去，但是蛋白质里面都会有硫元素的啊，蛋白两端的残基是怎么处理的呢？ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 模型 - 模拟 - 统计 - 热力学 | 精华 |
» 猜你喜欢
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有4人回复
-
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有17人回复
-
面上合作单位盖章
已经有5人回复
-
为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难
已经有8人回复
-
导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！
已经有7人回复
-
申请删除本帖
已经有7人回复
-
基金不中，共勉
已经有10人回复
-
国自然面上复盘~欢迎讨论
已经有11人回复
-
基金未中，这种答复是模板吗？
已经有6人回复
-
看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉……
已经有6人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 异氰酸酯
已经有1人回复
- 生产车间管理建议
已经有6人回复
- 学习第一性原理计算的准备
已经有13人回复
- vasp计算能带，刚开始就服务器就卡了
已经有20人回复
- 难道每次计算前都咬进行收敛性测试吗？
已经有14人回复
- 两道物化题目求熵变和一个热力学证明
已经有16人回复
- 在-5度，p标准下苯的凝固过程的熵变【认真看过教材的同学来】
已经有9人回复
- 理想气体自由膨胀的熵变意味着什么？
已经有18人回复
- 【求助】用Gaussian计算分子的熵时，不同分子的熵的计算基准是一样的吗？谢谢
已经有11人回复
- 【求助】绝对熵值的计算
已经有8人回复
- 【求助】一道关于熵变计算
已经有7人回复
- 哪位大侠能告诉我如何理解熵稳定和焓稳定啊？
已经有10人回复
ChemiAndy
木虫 (正式写手)
- 模拟EPI: 40
- 应助: 52 (初中生)
- 金币: 2573.3
- 散金: 18
- 红花: 104
- 帖子: 590
- 在线: 553.8小时
- 虫号: 836907
- 注册: 2009-08-30
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+10, 模拟EPI+1): 2011-11-13 20:09:42
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+10, 模拟EPI+1): 2011-11-13 20:09:42
|
学而不思则罔啊 1. 算熵变与体系大小有关系吗？ 2. 熵变必然包括了一个过程，你是什么变化过程导致构象数目变化的呢？ 3. 熵不是热力学平均量，是无法通过模拟直接计算的； 我没算过，但我相信必须通过计算自由能变化来倒推熵变: ΔG=ΔH-TΔS ΔG可以通过自由能微扰获取。自由能微扰计算自由能差，找一本讲分子模拟自由能的教材可以看到。英文Wiki也能告诉我们怎么做: Zwanzig equation： http://en.wikipedia.org/wiki/Free_energy_perturbation In practice, one runs a normal simulation for state A, but each time a new configuration is accepted, the energy for state B is also computed. The difference between states A and B may be in the atom types involved, in which case the ΔG obtained is for "mutating" one molecule onto another, or it may be a difference of geometry, in which case one obtains a free energy map along one or more reaction coordinates. 人家说的去掉一个残基，应该就是上面说的mutating, 是为了得到state B的能量。你要算差300个残基的熵变，得一个一个来，分300步走。自由能按Zwanzig equation积分得到。不过，前后构象差一个残基的话，误差也太大了吧。一般H原子变甲基还得分成10步走呢。搞生物模拟的真心不在乎精度吗？ 积分完自由能的同时，积分每一步前后的焓变，然后TΔS=ΔH-ΔG. 如果初末两态差300个残基，体积差肯定明显，那么每一步都要跑NPT啊。则么 ΔH=ΔU+PΔV; ΔU是前后两态的内能差。 顺便说，GROMACS直接支持热力学微扰计算自由能，不需要手动去掉残基，只要设定好哪些原子参与mutating。不要问我怎么使用GROMACS软件。我从来没算过。俺只对热力学理论感兴趣。 [ Last edited by ChemiAndy on 2011-11-11 at 20:52 ] |
3楼2011-11-12 14:09:13
jawang
木虫 (正式写手)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 3533.7
- 散金: 43
- 红花: 1
- 帖子: 376
- 在线: 214.7小时
- 虫号: 838608
- 注册: 2009-09-02
- 性别: GG
- 专业: 药物设计与药物信息
2楼2011-11-12 10:25:50
robertpeter2005
木虫 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 1843
- 红花: 1
- 帖子: 482
- 在线: 208.2小时
- 虫号: 421050
- 注册: 2007-07-14
- 专业: 理论和计算化学
4楼2011-11-12 20:24:06
ChemiAndy
木虫 (正式写手)
- 模拟EPI: 40
- 应助: 52 (初中生)
- 金币: 2573.3
- 散金: 18
- 红花: 104
- 帖子: 590
- 在线: 553.8小时
- 虫号: 836907
- 注册: 2009-08-30
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+5): 谢谢 2011-11-13 20:10:14
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+5): 谢谢 2011-11-13 20:10:14
|
哦，原来是MM/PBSA方法的振动熵啊。恩，可以忽略我上面的回帖，那个是岁体系有较小的变化时严格计算自由能的。不适合体系有较大的变化。 据我所知，MM/PBSA估计熵的方法很简单，仅仅是振动熵，先把蛋白取出来做优化，然后正则分析频率+如下统计公式：  nj - frequencies of normal vibrations in the molecule h - Planck's constant k - Boltzmann's constant T - absolute temperature (K) 这种估算方法要用到正则分析 normal mode analysis，需要构建所有原子对所有原子的二维矩阵，对于大的体系当然就不行了。这就是为什么对超过300个残基不能用的原因。 希望对楼主有用。 [ Last edited by ChemiAndy on 2011-11-12 at 18:33 ] |
5楼2011-11-13 14:29:13
robertpeter2005
木虫 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 1843
- 红花: 1
- 帖子: 482
- 在线: 208.2小时
- 虫号: 421050
- 注册: 2007-07-14
- 专业: 理论和计算化学
6楼2012-01-31 16:09:48
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2012-02-06 21:17:20
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2012-02-09 07:55:05
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2012-02-06 21:17:20
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2012-02-09 07:55:05
|
800多还可以把，有可能把nmode的限制改改么（就是得算得久点），或者把matrix导出来自己算本征值，用稀疏矩阵方法算上千万阶都没问题(http://www.grusoft.com/GSS.htm)。 |
7楼2012-02-01 09:10:07
robertpeter2005
木虫 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 1843
- 红花: 1
- 帖子: 482
- 在线: 208.2小时
- 虫号: 421050
- 注册: 2007-07-14
- 专业: 理论和计算化学
8楼2012-02-08 17:57:18
chenhang07
金虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1551.7
- 红花: 2
- 帖子: 321
- 在线: 73.8小时
- 虫号: 988932
- 注册: 2010-04-04
- 专业: 生物大分子结构与功能
9楼2012-02-18 08:22:51
zhongyunxia
新虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 768.4
- 散金: 1
- 帖子: 183
- 在线: 76.6小时
- 虫号: 1338148
- 注册: 2011-07-05
- 专业: 化工热力学和基础数据
10楼2012-02-20 09:00:06
投票:
