|
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ 小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖 御剑江湖(金币+10, 模拟EPI+1): 2011-11-13 20:09:42
学而不思则罔啊
1. 算熵变与体系大小有关系吗?
2. 熵变必然包括了一个过程,你是什么变化过程导致构象数目变化的呢?
3. 熵不是热力学平均量,是无法通过模拟直接计算的;
我没算过,但我相信必须通过计算自由能变化来倒推熵变: ΔG=ΔH-TΔS
ΔG可以通过自由能微扰获取。自由能微扰计算自由能差,找一本讲分子模拟自由能的教材可以看到。英文Wiki也能告诉我们怎么做: Zwanzig equation:
http://en.wikipedia.org/wiki/Free_energy_perturbation
In practice, one runs a normal simulation for state A, but each time a new configuration is accepted, the energy for state B is also computed. The difference between states A and B may be in the atom types involved, in which case the ΔG obtained is for "mutating" one molecule onto another, or it may be a difference of geometry, in which case one obtains a free energy map along one or more reaction coordinates.
人家说的去掉一个残基,应该就是上面说的mutating, 是为了得到state B的能量。你要算差300个残基的熵变,得一个一个来,分300步走。自由能按Zwanzig equation积分得到。不过,前后构象差一个残基的话,误差也太大了吧。一般H原子变甲基还得分成10步走呢。搞生物模拟的真心不在乎精度吗?
积分完自由能的同时,积分每一步前后的焓变,然后TΔS=ΔH-ΔG.
如果初末两态差300个残基,体积差肯定明显,那么每一步都要跑NPT啊。则么
ΔH=ΔU+PΔV; ΔU是前后两态的内能差。
顺便说,GROMACS直接支持热力学微扰计算自由能,不需要手动去掉残基,只要设定好哪些原子参与mutating。不要问我怎么使用GROMACS软件。我从来没算过。俺只对热力学理论感兴趣。
[ Last edited by ChemiAndy on 2011-11-11 at 20:52 ] |
|