| 查看: 2182 | 回复: 5 | ||
[求助]
请教关于gromacs计算单个氨基酸残基与配体相互作用能的问题已有2人参与
|
|
通过mdrun -rerun之后们可以重跑出一个新的能量文件，相信做过的都知道，我就不说了。 问题是在用g_energy 分析能量的时候，会有coul-sr LJ-sr这些项，到底应该计算哪一个呢，比如说是精氨酸吧，带有正电荷，是不是说我就应该计算Coul-SR，而舍弃范德华力LJ-SR呢，而不带电荷的那些比如，色氨酸，苏氨酸是不是就只计算范德华力LJ，而不计算库仑力Coul呢？ 求大神解答啊！！最近这个困扰好久了 |
回复此楼» 猜你喜欢
博士读完未来一定会好吗
已经有6人回复
-
小论文投稿
已经有3人回复
-
Bioresource Technology期刊，第一次返修的时候被退回好几次了
已经有9人回复
-
心脉受损
已经有3人回复
-
到新单位后，换了新的研究方向，没有团队，持续积累2区以上论文，能申请到面上吗
已经有8人回复
-
申请2026年博士
已经有6人回复
-
请问哪里可以有青B申请的本子可以借鉴一下。
已经有5人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
APG-1387新药据说是基于“蛋白-蛋白相互作用”的小分子细胞毒类抗肿瘤药。
已经有10人回复- gromacs蛋白计算结束后老是跑出盒子
已经有19人回复
- 请教gromacs蛋白与小分子相互作用分析
已经有12人回复
- 用pymol软件怎样将蛋白的一个氨基酸残基替换为其他的残基
已经有8人回复
- 蛋白之间相互作用的残基及作用力
已经有3人回复
- 菜鸟求助。用gromacs的什么指令可以分析氢键能大小？
已经有6人回复
- 阴离子与氢键相互作用模拟
已经有3人回复
- 蛋白质与生物小分子相互作用
已经有5人回复
- gromacs中金属离子的处理
已经有6人回复
- 蛋白质同源模建求助！
已经有6人回复
- 如何多配体对接多蛋白？
已经有7人回复
- gromacs主页的蛋白质与配体作用
已经有5人回复
- 请教如何将下载下来的蛋白中的小分子配体删掉？
已经有13人回复
- gromacs 模拟NPT系宗出问题
已经有8人回复
- gromacs模拟分子在二氧化硅表面的吸附
已经有9人回复
- 添加氨基酸残基
已经有7人回复
- 关于熵变的计算，有人知道怎么计算大的体系的熵变吗？比如将近一千个残基的体系？
已经有11人回复
- 【求助】求一个gromacs的中文教程，包括安装的部分，小弟新手，从零学起
已经有8人回复
- 【求助】配体分子中的氨基酸在DS软件中无相匹配怎么办？
已经有5人回复
2楼2014-05-27 19:32:00
jianchen7882
金虫 (小有名气)
- 应助: 10 (幼儿园)
- 金币: 1402
- 红花: 2
- 帖子: 186
- 在线: 76.1小时
- 虫号: 2182099
- 注册: 2012-12-12
- 性别: GG
- 专业: 分离过程
3楼2014-05-29 17:32:34
yulou2199
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 574.3
- 帖子: 116
- 在线: 70.4小时
- 虫号: 896175
- 注册: 2009-11-07
- 性别: GG
- 专业: 食品科学基础
4楼2014-06-12 18:52:18
水儿CoCo
木虫 (小有名气)
- 应助: 12 (小学生)
- 金币: 2597.7
- 红花: 7
- 帖子: 120
- 在线: 96.8小时
- 虫号: 2718708
- 注册: 2013-10-12
- 性别: MM
- 专业: 药物化学
5楼2014-06-20 15:57:01
zlf9452006
金虫 (小有名气)
- 应助: 7 (幼儿园)
- 金币: 1365.7
- 散金: 539
- 红花: 3
- 帖子: 59
- 在线: 111.1小时
- 虫号: 587860
- 注册: 2008-08-22
- 专业: 理论和计算化学
6楼2014-06-20 22:41:01