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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs中金属离子的处理
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qingtian510

银虫 (初入文坛)

[求助] gromacs中金属离子的处理

在我的蛋白里有一个锌离子与3个半胱氨酸和1个组氨酸形成配位键，由于生成金属参数挺难的，所以我想通过限制锌离子和氨基酸残基中硫和氮原子之间的距离把锌离子限制在一个固定的范围内，现在我知道锌离子与硫氮原子之间的距离在2-2.6埃之间，在gromacs或amber中，这样限制怎么实现呢，请大侠指教？
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奋斗吧，少年
1楼 2013-09-23 17:09:40
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wangchclove

金虫 (小有名气)
顶起！
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Good
2楼2013-09-24 09:19:20
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-10-30 08:39:45
gromacs 的Position restraints ？ 你先看看手册的这一节内容；

“所以我想通过限制锌离子和氨基酸残基中硫和氮原子之间的距离把锌离子限制在一个固定的范围内” ，那么可以试试把氮原子作为“reference positions Ri”，然后你的 锌离子 就在氮原子的附近了。 建模的时候，你可以把锌离子的初始位置就放在 硫氮原子之间的距离在2-2.6埃之间 的地方，这样的初始状态更容易达到平衡。
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3楼2013-09-24 10:35:02
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qingtian510

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-09-24 10:35:02
gromacs 的Position restraints ？ 你先看看手册的这一节内容；

“所以我想通过限制锌离子和氨基酸残基中硫和氮原子之间的距离把锌离子限制在一个固定的范围内” ，那么可以试试把氮原子作为“reference positio ...

那个pdb文件中含有锌离子，生成.gro文件的时候，它就是在那个位置吧，完了之后我想改top文件，加个限制，我看了那个了，还是没整明白，怎么写书写限制，还有，我曾看到说在锌离子和硫氮原子直接加harnonic pot，就是设置［bond］，选择func.type = 6，我设置完之后，后边还有一个gb_x,（x代表数字），对于配位键这个数字选哪个，你知道吗？我随便选了2个试了下，能量最小化的时候需要很久，完了升温的时候就运行部下去了
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奋斗吧，少年
4楼2013-09-24 19:52:50
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qingtian510

银虫 (初入文坛)
顶顶顶啊！
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奋斗吧，少年
5楼2013-09-27 09:11:26
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-10-30 08:40:17
既然是配位键 默认的参数就可以啊 在MD里面配位键应该是视为范德华力和静电力的加合的
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6楼2013-09-27 11:06:45
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泊小夏

新虫 (初入文坛)
顶一个
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7楼2013-10-29 09:05:47
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