| 查看: 4486 | 回复: 12 | ||||||
xueer小雯金虫 (初入文坛)
|
[求助]
请教gromacs蛋白与小分子相互作用分析 已有3人参与
|
|
是这样的，我先做了蛋白与小分子的平衡，而后将小分子从蛋白的活性口袋中拉伸出来。 现在主要想分析整个过程中拉力的变化，看看峰值什么的，这个不知道该用什么命令来执行。 然后再分析分析氢键作用，这个我知道用g_bond。 然后还有疏水作用和水桥，不知道这两个用哪个命令可以执行。 请教大家，请不吝赐教！ 多谢！ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 gromacs | xuexijisuan | 药物化学 | gromacs |
» 猜你喜欢
售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全
已经有6人回复
-
售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全
已经有6人回复
-
售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全
已经有7人回复
-
售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全
已经有7人回复
-
售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全
已经有7人回复
-
售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全
已经有8人回复
-
售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全
已经有8人回复
-
售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全
已经有8人回复
-
售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全
已经有8人回复
-
博士延得我，科研能力直往上蹿
已经有8人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 蛋白之间相互作用的残基及作用力
已经有3人回复
- Gromacs能量最小化问题
已经有5人回复
- 蛋白和某基因是否有相互作用，有什么软件或者方法可以预测？
已经有4人回复
- 菜鸟求助。用gromacs的什么指令可以分析氢键能大小？
已经有6人回复
- 跑完Gromacs的动力学模拟之后的轨迹文件.trr里面没有内容，为什么？
已经有4人回复
- 蛋白质同源模建求助！
已经有6人回复
- 蛋白相互作用，钓取受体
已经有7人回复
- Namd， Gromacs 可以计算分子中电荷分布随时间的变化吗？
已经有4人回复
- 求教蛋白与基因相互作用研究方法有哪些
已经有6人回复
- gromacs主页的蛋白质与配体作用
已经有5人回复
- 淀粉和蛋白质的相互作用
已经有5人回复
- gromacs结果分析怎样分析氢键能和结合能
已经有12人回复
- 大家用gromacs做膜蛋白有直接从网上下的没？做什么处理了吗？
已经有12人回复
- 蛋白质相互作用预测
已经有9人回复
- 请教蛋白质之类的大分子模拟入门建议。。。
已经有6人回复
- gromacs模拟分子在二氧化硅表面的吸附
已经有9人回复
- 如何使用gromacs进行多分子模拟？
已经有7人回复
- 【原创】在gromacs的gro中插入小分子
已经有12人回复
2楼2014-03-26 21:03:04
★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-27 21:35:46
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-27 21:35:46
|
本帖内容被屏蔽 |
3楼2014-03-26 21:57:42
xulinan
木虫 (小有名气)
- 应助: 24 (小学生)
- 金币: 2564.9
- 散金: 3
- 帖子: 145
- 在线: 96.3小时
- 虫号: 1123245
- 注册: 2010-10-15
- 性别: GG
- 专业: 微生物生理与生物化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2014-03-27 21:38:00
xueer小雯: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2014-03-31 10:05:22
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2014-03-27 21:38:00
xueer小雯: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2014-03-31 10:05:22
| 楼上说的都是很常用的，如果你是新手只想简单的看力和相互作用能量变化的话建议使用g_traj提取力文件，g_energy提取相互作用能量，g_hbond分析氢键，g_saltbr分析盐桥；PMF可以用g_wham，疏水作用和水桥好像是不能直接分析的，需要借助其他软件，水桥你要是用g_hbond自己计算就麻烦了。当然你还可以辅助一些比如距离g_dist等分析峰值，有些文章是用力、距离和能量共同确定峰值的。 |
4楼2014-03-27 03:29:28
xueer小雯
金虫 (初入文坛)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 2240.9
- 红花: 1
- 帖子: 36
- 在线: 359.1小时
- 虫号: 2318904
- 注册: 2013-03-05
- 专业: 药物设计与药物信息
5楼2014-03-28 15:16:36
xueer小雯
金虫 (初入文坛)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 2240.9
- 红花: 1
- 帖子: 36
- 在线: 359.1小时
- 虫号: 2318904
- 注册: 2013-03-05
- 专业: 药物设计与药物信息
6楼2014-03-28 15:26:07
xulinan
木虫 (小有名气)
- 应助: 24 (小学生)
- 金币: 2564.9
- 散金: 3
- 帖子: 145
- 在线: 96.3小时
- 虫号: 1123245
- 注册: 2010-10-15
- 性别: GG
- 专业: 微生物生理与生物化学
7楼2014-03-28 20:14:49
xueer小雯
金虫 (初入文坛)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 2240.9
- 红花: 1
- 帖子: 36
- 在线: 359.1小时
- 虫号: 2318904
- 注册: 2013-03-05
- 专业: 药物设计与药物信息
8楼2014-03-31 09:08:04
xueer小雯
金虫 (初入文坛)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 2240.9
- 红花: 1
- 帖子: 36
- 在线: 359.1小时
- 虫号: 2318904
- 注册: 2013-03-05
- 专业: 药物设计与药物信息
9楼2014-03-31 14:49:29
xulinan
木虫 (小有名气)
- 应助: 24 (小学生)
- 金币: 2564.9
- 散金: 3
- 帖子: 145
- 在线: 96.3小时
- 虫号: 1123245
- 注册: 2010-10-15
- 性别: GG
- 专业: 微生物生理与生物化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
xueer小雯: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-03-31 19:33:31
月只蓝: 金币+3, 应助指数+1, 感谢指导！ 2014-03-31 20:43:53
xueer小雯: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-03-31 19:33:31
月只蓝: 金币+3, 应助指数+1, 感谢指导！ 2014-03-31 20:43:53
|
在mdp文件设置的时候一般都是用的umbrella。恕水平有限不能将伞形抽样解释的很清楚，拙见如下，欢迎高手指正。 伞形取样是为了克服你模拟时间太短而导致的取样不足而生的，它能服务于计算PMF。模拟基本都在ns级，现在好像到了ms级，但是相对于真实反应还是太短，这么短时间，模拟无法完全取样所有过程（特别是高能量状态，能垒障碍太多啊）。伞形取样就是把反应坐标分成若干个window，然后分别计算window的概率分别，最后wham出PMF。PMF这东西，拉伸文章里到是很常用，但是你不用也无妨，除非审稿人非要你补这数据.... |
10楼2014-03-31 19:08:02
10