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xueer小雯金虫 (初入文坛)
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请教gromacs蛋白与小分子相互作用分析已有3人参与
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是这样的，我先做了蛋白与小分子的平衡，而后将小分子从蛋白的活性口袋中拉伸出来。 现在主要想分析整个过程中拉力的变化，看看峰值什么的，这个不知道该用什么命令来执行。 然后再分析分析氢键作用，这个我知道用g_bond。 然后还有疏水作用和水桥，不知道这两个用哪个命令可以执行。 请教大家，请不吝赐教！ 多谢！ |
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2楼2014-03-26 21:03:04
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3楼2014-03-26 21:57:42
xulinan
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| 楼上说的都是很常用的，如果你是新手只想简单的看力和相互作用能量变化的话建议使用g_traj提取力文件，g_energy提取相互作用能量，g_hbond分析氢键，g_saltbr分析盐桥；PMF可以用g_wham，疏水作用和水桥好像是不能直接分析的，需要借助其他软件，水桥你要是用g_hbond自己计算就麻烦了。当然你还可以辅助一些比如距离g_dist等分析峰值，有些文章是用力、距离和能量共同确定峰值的。 |
4楼2014-03-27 03:29:28
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在mdp文件设置的时候一般都是用的umbrella。恕水平有限不能将伞形抽样解释的很清楚，拙见如下，欢迎高手指正。 伞形取样是为了克服你模拟时间太短而导致的取样不足而生的，它能服务于计算PMF。模拟基本都在ns级，现在好像到了ms级，但是相对于真实反应还是太短，这么短时间，模拟无法完全取样所有过程（特别是高能量状态，能垒障碍太多啊）。伞形取样就是把反应坐标分成若干个window，然后分别计算window的概率分别，最后wham出PMF。PMF这东西，拉伸文章里到是很常用，但是你不用也无妨，除非审稿人非要你补这数据.... |
10楼2014-03-31 19:08:02