应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 大家用gromacs做膜蛋白有直接从网上下的没？做什么处理了吗？
131/1返回列表
查看: 1670  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

469187892

银虫 (小有名气)

[交流] 大家用gromacs做膜蛋白有直接从网上下的没？做什么处理了吗？

http://moose.bio.ucalgary.ca/ind ... ures_and_Topologies
大家有用这里面的膜做膜动力学吗？我有一些问题想请教一下：不知道从这里面下载的膜还要做什么处理吗？还是直接用，跑nvt,npt或md没？
回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

469187892

» 猜你喜欢

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2012-11-30 16:11:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★
469187892(金币+2): 谢谢参与
小伙儿，多看看文献吧。 我推荐你看篇经典文献《Pressure-Area Isotherm of a Lipid Monolayer from Molecular Dynamics Simulations》
赞一下 回复此楼
2楼2012-11-30 16:37:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

469187892

银虫 (小有名气)
送鲜花一朵
谢谢推荐 已下载 要好好看看 多向你学习
赞一下 回复此楼
3楼2012-11-30 16:55:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

candery

金虫 (小有名气)
★
469187892(金币+2): 谢谢参与
当然需要做处理，要跑npt的md直到平衡，（膜的厚度和单位lipid面积不变）。
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

469187892
7楼2012-12-03 20:20:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

userhung

禁虫 (文学泰斗)
★ ★
469187892(金币+2): 谢谢参与
469187892: 金币+1, 谢谢了 2012-12-04 09:09:24
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1750430
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1090921
http://www.mdbbs.org/thread-1404-1-1.html
赞一下 回复此楼
8楼2012-12-03 21:06:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

469187892

银虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by candery at 2012-12-03 20:20:15
当然需要做处理，要跑npt的md直到平衡，（膜的厚度和单位lipid面积不变）。

那请问一下，平衡的标准是什么？怎么看？
赞一下 回复此楼
9楼2012-12-04 09:03:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

469187892

银虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by candery at 2012-12-03 20:20:15
当然需要做处理，要跑npt的md直到平衡，（膜的厚度和单位lipid面积不变）。

可以把蛋白与膜的模型做好，限制蛋白，再跑膜的npt吗？
赞一下 回复此楼
10楼2012-12-04 09:06:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

469187892

银虫 (小有名气)
★
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-12-05 08:11:59
引用回帖:
7楼: Originally posted by candery at 2012-12-03 20:20:15
当然需要做处理，要跑npt的md直到平衡，（膜的厚度和单位lipid面积不变）。

我知道了 ，用gromacs里的g_sas就可以计算膜的面积，嘿嘿
赞一下 回复此楼
11楼2012-12-04 09:30:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

superdirac

木虫 (正式写手)
★ ★
469187892(金币+2): 谢谢参与
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-12-05 08:12:09
推荐这个 网站。
http://www.charmm-gui.org/
极其的强大。

这个网站是由 编写charmm的课题组所维护。
在上面，可以生成你想要的所有种类的膜。
并且，这个网站还提供“把蛋白嵌入生物膜” 的功能。
十分的强大。

[ Last edited by superdirac on 2012-12-5 at 08:55 ]
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

469187892
12楼2012-12-04 17:08:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

469187892

银虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
12楼: Originally posted by superdirac at 2012-12-04 17:08:31
推荐这个 网站。
http://www.charmm-gui.org/
极其的强大。

这个网站是由 编写charmm的课题组所维护。
在上面，可以生成你想要的所有种类的膜。
并且，这个网站还提供“把蛋白嵌入生物膜” 的功能。
十分 ...

谢谢啦
回复此楼
13楼2012-12-05 14:29:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
xiejf4楼
2012-11-30 17:13   回复  
469187892(金币+2): 谢谢参与
hxp28005楼
2012-11-30 17:39   回复  
469187892(金币+2): 谢谢参与
紫鸢轩6楼
2012-11-30 17:48   回复  
469187892(金币+2): 谢谢参与
相关版块跳转 我要订阅楼主 469187892 的主题更新
131/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭