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gwdavid

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[交流] 【求助】关于用Gromacs做膜分子动力学

用Gromacs做膜的分子动力学，如何用VMD将蛋白嵌入membrane存成pdb file?

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-13 at 21:47 ]

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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]

1楼 2008-12-08 21:19:48

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shiyi09

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★ ★
gwdavid(金币+2,VIP+0):谢谢！

gromace里有一个好像是加水的命令可以做到。我也记得不清楚了，可以自己写程序实现，或写个tcl脚本在VMD下实现。
关键的问题是把膜挖了，再加水。
具体的做法，网上有教程。

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2楼2008-12-09 10:33:46

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weishenme

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★
yuhuobuku(金币+1,VIP+0):欢迎参加讨论 6-10 12:13

这个有现成的tcl脚本吧。

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3楼2008-12-14 20:46:29

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qiaobf

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★ ★ ★
gwdavid(金币+3,VIP+0):谢谢

VMD用鼠标就可以直接将特定的原子或者基团平移到某个位置或者旋转（shift＋）。至于挖空膜，可以选出特定位置的原子，然后保存的时候不要保存这些，就得到中空的.pdb结构了

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4楼2008-12-15 11:20:19

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shiyi09

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★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):强烈期待

我最近是没有空，不然整理一下那些脚本，半年前跑过2007年月底发布的那个beta2的膜蛋白，以及gpr39。现在转方向的没搞了！东西可能还在cluster上！东西勉强能用，记得是包的popc膜。

[ Last edited by shiyi09 on 2008-12-15 at 12:44 ]

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5楼2008-12-15 12:33:20

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lvgh

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★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢鼓励新人

先在ＶＭＤ下打开膜蛋白和磷脂双分子膜的ｐｄｂ文件，然后固定膜，移动蛋白受体，直至移动到磷脂膜的中间（或者说被磷脂膜全包住），然后ｓａｖｅ蛋白坐标。然后用ｍｓｍｓ产生受体蛋白的ｓｕｒｆａｃｅ文件。

另外还要用Ｇｒｏｍａｃｓ３１４对磷脂膜的ｐｄｂ文件做处理，然后ｍｄｒｕｎ，ｍａｋｅｈｏｌｅ．．．．
　
具体详见ｇｒｏｍａｃｓ３１４和ｍｓｍｓ的ｍａｎｎｕａｌ

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6楼2008-12-18 23:15:05

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