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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】关于用Gromacs做膜分子动力学
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gwdavid

木虫 (著名写手)

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[交流] 【求助】关于用Gromacs做膜分子动力学

用Gromacs做膜的分子动力学，如何用VMD将蛋白嵌入membrane存成pdb file?

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-13 at 21:47 ]
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1楼 2008-12-08 21:19:48
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shiyi09

金虫 (小有名气)
★ ★
gwdavid(金币+2,VIP+0):谢谢！
gromace里有一个好像是加水的命令可以做到。我也记得不清楚了，可以自己写程序实现，或写个tcl脚本在VMD下实现。
    关键的问题是把膜挖了，再加水。
    具体的做法，网上有教程。
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2楼2008-12-09 10:33:46
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weishenme

金虫 (小有名气)
★
yuhuobuku(金币+1,VIP+0):欢迎参加讨论 6-10 12:13
这个有现成的tcl脚本吧。
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3楼2008-12-14 20:46:29
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qiaobf

★ ★ ★
gwdavid(金币+3,VIP+0):谢谢
VMD用鼠标就可以直接将特定的原子或者基团平移到某个位置或者旋转（shift＋）。至于挖空膜，可以选出特定位置的原子，然后保存的时候不要保存这些，就得到中空的.pdb结构了
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4楼2008-12-15 11:20:19
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shiyi09

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):强烈期待
我最近是没有空，不然整理一下那些脚本，半年前跑过2007年月底发布的那个beta2的膜蛋白，以及gpr39。现在转方向的没搞了！东西可能还在cluster上！东西勉强能用，记得是包的popc膜。

[ Last edited by shiyi09 on 2008-12-15 at 12:44 ]
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5楼2008-12-15 12:33:20
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lvgh

★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 鼓励新人
先在ＶＭＤ下打开膜蛋白和磷脂双分子膜的ｐｄｂ文件，然后固定膜，移动蛋白受体，直至移动到磷脂膜的中间（或者说被磷脂膜全包住），然后ｓａｖｅ蛋白坐标。然后用ｍｓｍｓ产生受体蛋白的ｓｕｒｆａｃｅ文件。

另外还要用Ｇｒｏｍａｃｓ３１４对磷脂膜的ｐｄｂ文件做处理，然后ｍｄｒｕｎ，ｍａｋｅｈｏｌｅ．．．．
　
具体详见ｇｒｏｍａｃｓ３１４和ｍｓｍｓ的ｍａｎｎｕａｌ
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6楼2008-12-18 23:15:05
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lvgh

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
哈，好像有点答非所问！ＶＭＤ用ｓｈｉｆｔ和８来移动旋转蛋白，千万不要移动莫分子的坐标，然后ｓａｖｅ蛋白分子的坐标，另存为＊．ｐｄｂ就可以了。
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7楼2008-12-18 23:22:48
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insight1888

★
yuhuobuku(金币+1,VIP+0):欢迎参加讨论 6-10 12:14
额，做膜的欢迎加我QQ哈
851750505，(*^__^*)
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8楼2009-06-10 11:57:01
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