24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
查看: 1053  |  回复: 7
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

[交流] 【求助】关于用Gromacs做膜分子动力学

用Gromacs做膜的分子动力学,如何用VMD将蛋白嵌入membrane存成pdb file?

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-13 at 21:47 ]
回复此楼
个人博客:[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qiaobf

★ ★ ★
gwdavid(金币+3,VIP+0):谢谢
VMD用鼠标就可以直接将特定的原子或者基团平移到某个位置或者旋转(shift+)。至于挖空膜,可以选出特定位置的原子,然后保存的时候不要保存这些,就得到中空的.pdb结构了
4楼2008-12-15 11:20:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

shiyi09

金虫 (小有名气)

★ ★
gwdavid(金币+2,VIP+0):谢谢!
gromace里有一个好像是加水的命令可以做到。我也记得不清楚了,可以自己写程序实现,或写个tcl脚本在VMD下实现。
    关键的问题是把膜挖了,再加水。
    具体的做法,网上有教程。
2楼2008-12-09 10:33:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

weishenme

金虫 (小有名气)


yuhuobuku(金币+1,VIP+0):欢迎参加讨论 6-10 12:13
这个有现成的tcl脚本吧。
3楼2008-12-14 20:46:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shiyi09

金虫 (小有名气)

★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):强烈期待
我最近是没有空,不然整理一下那些脚本,半年前跑过2007年月底发布的那个beta2的膜蛋白,以及gpr39。现在转方向的没搞了!东西可能还在cluster上!东西勉强能用,记得是包的popc膜。

[ Last edited by shiyi09 on 2008-12-15 at 12:44 ]
5楼2008-12-15 12:33:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复(可上传附件)
信息提示
请填处理意见