应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 大家用gromacs做膜蛋白有直接从网上下的没？做什么处理了吗？
51/1返回列表
查看: 1426  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

469187892

银虫 (小有名气)

[交流] 大家用gromacs做膜蛋白有直接从网上下的没？做什么处理了吗？

http://moose.bio.ucalgary.ca/ind ... ures_and_Topologies
大家有用这里面的膜做膜动力学吗？我有一些问题想请教一下：不知道从这里面下载的膜还要做什么处理吗？还是直接用，跑nvt,npt或md没？
回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

469187892

» 猜你喜欢

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2012-11-30 16:11:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

469187892

银虫 (小有名气)
★
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-12-05 08:11:59
引用回帖:
7楼: Originally posted by candery at 2012-12-03 20:20:15
当然需要做处理，要跑npt的md直到平衡，（膜的厚度和单位lipid面积不变）。

我知道了 ，用gromacs里的g_sas就可以计算膜的面积，嘿嘿
赞一下 回复此楼
11楼2012-12-04 09:30:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 13 个回答

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★
469187892(金币+2): 谢谢参与
小伙儿，多看看文献吧。 我推荐你看篇经典文献《Pressure-Area Isotherm of a Lipid Monolayer from Molecular Dynamics Simulations》
赞一下 回复此楼
2楼2012-11-30 16:37:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

469187892

银虫 (小有名气)
送鲜花一朵
谢谢推荐 已下载 要好好看看 多向你学习
赞一下 回复此楼
3楼2012-11-30 16:55:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

candery

金虫 (小有名气)
★
469187892(金币+2): 谢谢参与
当然需要做处理，要跑npt的md直到平衡，（膜的厚度和单位lipid面积不变）。
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

469187892
7楼2012-12-03 20:20:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 13 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭