应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 大家用gromacs做膜蛋白有直接从网上下的没？做什么处理了吗？
131/1返回列表
查看: 1725  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

469187892

银虫 (小有名气)

[交流] 大家用gromacs做膜蛋白有直接从网上下的没？做什么处理了吗？

http://moose.bio.ucalgary.ca/ind ... ures_and_Topologies
大家有用这里面的膜做膜动力学吗？我有一些问题想请教一下：不知道从这里面下载的膜还要做什么处理吗？还是直接用，跑nvt,npt或md没？
回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

469187892

» 猜你喜欢

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2012-11-30 16:11:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★
469187892(金币+2): 谢谢参与
小伙儿，多看看文献吧。 我推荐你看篇经典文献《Pressure-Area Isotherm of a Lipid Monolayer from Molecular Dynamics Simulations》
赞一下 回复此楼
2楼2012-11-30 16:37:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

469187892

银虫 (小有名气)
送鲜花一朵
谢谢推荐 已下载 要好好看看 多向你学习
赞一下 回复此楼
3楼2012-11-30 16:55:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

candery

金虫 (小有名气)
★
469187892(金币+2): 谢谢参与
当然需要做处理，要跑npt的md直到平衡，（膜的厚度和单位lipid面积不变）。
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

469187892
7楼2012-12-03 20:20:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

userhung

禁虫 (文学泰斗)
★ ★
469187892(金币+2): 谢谢参与
469187892: 金币+1, 谢谢了 2012-12-04 09:09:24
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1750430
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1090921
http://www.mdbbs.org/thread-1404-1-1.html
赞一下 回复此楼
8楼2012-12-03 21:06:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

469187892

银虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by candery at 2012-12-03 20:20:15
当然需要做处理，要跑npt的md直到平衡，（膜的厚度和单位lipid面积不变）。

那请问一下，平衡的标准是什么？怎么看？
赞一下 回复此楼
9楼2012-12-04 09:03:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

469187892

银虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by candery at 2012-12-03 20:20:15
当然需要做处理，要跑npt的md直到平衡，（膜的厚度和单位lipid面积不变）。

可以把蛋白与膜的模型做好，限制蛋白，再跑膜的npt吗？
赞一下 回复此楼
10楼2012-12-04 09:06:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

469187892

银虫 (小有名气)
★
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-12-05 08:11:59
引用回帖:
7楼: Originally posted by candery at 2012-12-03 20:20:15
当然需要做处理，要跑npt的md直到平衡，（膜的厚度和单位lipid面积不变）。

我知道了 ，用gromacs里的g_sas就可以计算膜的面积，嘿嘿
赞一下 回复此楼
11楼2012-12-04 09:30:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

superdirac

木虫 (正式写手)
★ ★
469187892(金币+2): 谢谢参与
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-12-05 08:12:09
推荐这个 网站。
http://www.charmm-gui.org/
极其的强大。

这个网站是由 编写charmm的课题组所维护。
在上面，可以生成你想要的所有种类的膜。
并且，这个网站还提供“把蛋白嵌入生物膜” 的功能。
十分的强大。

[ Last edited by superdirac on 2012-12-5 at 08:55 ]
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

469187892
12楼2012-12-04 17:08:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

469187892

银虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
12楼: Originally posted by superdirac at 2012-12-04 17:08:31
推荐这个 网站。
http://www.charmm-gui.org/
极其的强大。

这个网站是由 编写charmm的课题组所维护。
在上面，可以生成你想要的所有种类的膜。
并且，这个网站还提供“把蛋白嵌入生物膜” 的功能。
十分 ...

谢谢啦
回复此楼
13楼2012-12-05 14:29:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
xiejf4楼
2012-11-30 17:13   回复  
469187892(金币+2): 谢谢参与
hxp28005楼
2012-11-30 17:39   回复  
469187892(金币+2): 谢谢参与
紫鸢轩6楼
2012-11-30 17:48   回复  
469187892(金币+2): 谢谢参与
相关版块跳转 我要订阅楼主 469187892 的主题更新
131/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +7 wangze12014 2026-08-14 8/400 2026-08-17 12:45 by a441914426
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 i7NFEVbjQMM5 2026-08-16 4/200 2026-08-17 12:10 by 4GBAYCdVQoK3
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 6GojgJvkDudM 2026-08-16 4/200 2026-08-17 11:46 by 4GBAYCdVQoK3
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 6GojgJvkDudM 2026-08-16 3/150 2026-08-17 09:49 by xLVPIRuSvCUe
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +32 医学老男孩 2026-08-13 74/3700 2026-08-16 21:05 by 医学老男孩
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +13 archvillain 2026-08-15 25/1250 2026-08-16 20:13 by zhaosm1982
[基金申请] 2027广东省杰青 +3 奶牛小黑 2026-08-15 6/300 2026-08-16 20:07 by 奶牛小黑
[基金申请] 快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。 +3 Tide man 2026-08-14 3/150 2026-08-16 17:47 by jurkat.1640
[基金申请] 有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验） +10 majunge000 2026-08-11 12/600 2026-08-16 08:18 by xli1984
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] 静等基金结果 +8 gjjjzhong 2026-08-10 21/1050 2026-08-13 17:56 by 且听虎啸
[基金申请] 重要来源：本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] Filecode 又变了，巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +4 布布和一二 2026-08-11 5/250 2026-08-13 12:56 by cratir
[基金申请] 结合人工智能，周易传统文化，filecode打分制来了，3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见，大家看看几个A，几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[基金申请] 什么时候出结果，有咨询渠道？？？ +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭