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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 大家用gromacs做膜蛋白有直接从网上下的没？做什么处理了吗？
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469187892

银虫 (小有名气)

[交流] 大家用gromacs做膜蛋白有直接从网上下的没？做什么处理了吗？

http://moose.bio.ucalgary.ca/ind ... ures_and_Topologies
大家有用这里面的膜做膜动力学吗？我有一些问题想请教一下：不知道从这里面下载的膜还要做什么处理吗？还是直接用，跑nvt,npt或md没？
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469187892

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1楼 2012-11-30 16:11:51
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★
469187892(金币+2): 谢谢参与
小伙儿，多看看文献吧。 我推荐你看篇经典文献《Pressure-Area Isotherm of a Lipid Monolayer from Molecular Dynamics Simulations》
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2楼2012-11-30 16:37:04
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469187892

银虫 (小有名气)
送鲜花一朵
谢谢推荐 已下载 要好好看看 多向你学习
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3楼2012-11-30 16:55:45
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candery

金虫 (小有名气)
★
469187892(金币+2): 谢谢参与
当然需要做处理，要跑npt的md直到平衡，（膜的厚度和单位lipid面积不变）。
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469187892
7楼2012-12-03 20:20:15
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userhung

禁虫 (文学泰斗)
★ ★
469187892(金币+2): 谢谢参与
469187892: 金币+1, 谢谢了 2012-12-04 09:09:24
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1750430
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1090921
http://www.mdbbs.org/thread-1404-1-1.html
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8楼2012-12-03 21:06:42
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469187892

银虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by candery at 2012-12-03 20:20:15
当然需要做处理，要跑npt的md直到平衡，（膜的厚度和单位lipid面积不变）。

那请问一下，平衡的标准是什么？怎么看？
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9楼2012-12-04 09:03:37
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469187892

银虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by candery at 2012-12-03 20:20:15
当然需要做处理，要跑npt的md直到平衡，（膜的厚度和单位lipid面积不变）。

可以把蛋白与膜的模型做好，限制蛋白，再跑膜的npt吗？
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10楼2012-12-04 09:06:32
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469187892

银虫 (小有名气)
★
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-12-05 08:11:59
引用回帖:
7楼: Originally posted by candery at 2012-12-03 20:20:15
当然需要做处理，要跑npt的md直到平衡，（膜的厚度和单位lipid面积不变）。

我知道了 ，用gromacs里的g_sas就可以计算膜的面积，嘿嘿
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11楼2012-12-04 09:30:54
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superdirac

木虫 (正式写手)
★ ★
469187892(金币+2): 谢谢参与
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-12-05 08:12:09
推荐这个 网站。
http://www.charmm-gui.org/
极其的强大。

这个网站是由 编写charmm的课题组所维护。
在上面，可以生成你想要的所有种类的膜。
并且，这个网站还提供“把蛋白嵌入生物膜” 的功能。
十分的强大。

[ Last edited by superdirac on 2012-12-5 at 08:55 ]
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469187892
12楼2012-12-04 17:08:31
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469187892

银虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
12楼: Originally posted by superdirac at 2012-12-04 17:08:31
推荐这个 网站。
http://www.charmm-gui.org/
极其的强大。

这个网站是由 编写charmm的课题组所维护。
在上面，可以生成你想要的所有种类的膜。
并且，这个网站还提供“把蛋白嵌入生物膜” 的功能。
十分 ...

谢谢啦
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13楼2012-12-05 14:29:08
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xiejf4楼
2012-11-30 17:13   回复  
469187892(金币+2): 谢谢参与
hxp28005楼
2012-11-30 17:39   回复  
469187892(金币+2): 谢谢参与
紫鸢轩6楼
2012-11-30 17:48   回复  
469187892(金币+2): 谢谢参与
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