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469187892

银虫 (小有名气)


[交流] 大家用gromacs做膜蛋白有直接从网上下的没?做什么处理了吗?

http://moose.bio.ucalgary.ca/ind ... ures_and_Topologies
大家有用这里面的膜做膜动力学吗?我有一些问题想请教一下:不知道从这里面下载的膜还要做什么处理吗?还是直接用,跑nvt,npt或md没?
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469187892(金币+2): 谢谢参与
小伙儿,多看看文献吧。 我推荐你看篇经典文献《Pressure-Area Isotherm of a Lipid Monolayer from Molecular Dynamics Simulations》
2楼2012-11-30 16:37:04
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469187892

银虫 (小有名气)


送鲜花一朵
谢谢推荐 已下载 要好好看看 多向你学习
3楼2012-11-30 16:55:45
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candery

金虫 (小有名气)



469187892(金币+2): 谢谢参与
当然需要做处理,要跑npt的md直到平衡,(膜的厚度和单位lipid面积不变)。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

7楼2012-12-03 20:20:15
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8楼2012-12-03 21:06:42
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469187892

银虫 (小有名气)


送鲜花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by candery at 2012-12-03 20:20:15
当然需要做处理,要跑npt的md直到平衡,(膜的厚度和单位lipid面积不变)。

那请问一下,平衡的标准是什么?怎么看?
9楼2012-12-04 09:03:37
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469187892

银虫 (小有名气)


引用回帖:
7楼: Originally posted by candery at 2012-12-03 20:20:15
当然需要做处理,要跑npt的md直到平衡,(膜的厚度和单位lipid面积不变)。

可以把蛋白与膜的模型做好,限制蛋白,再跑膜的npt吗?
10楼2012-12-04 09:06:32
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469187892

银虫 (小有名气)



zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-12-05 08:11:59
引用回帖:
7楼: Originally posted by candery at 2012-12-03 20:20:15
当然需要做处理,要跑npt的md直到平衡,(膜的厚度和单位lipid面积不变)。

我知道了 ,用gromacs里的g_sas就可以计算膜的面积,嘿嘿
11楼2012-12-04 09:30:54
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superdirac

木虫 (正式写手)


★ ★
469187892(金币+2): 谢谢参与
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-12-05 08:12:09
推荐这个 网站。
http://www.charmm-gui.org/
极其的强大。

这个网站是由 编写charmm的课题组所维护。
在上面,可以生成你想要的所有种类的膜。
并且,这个网站还提供“把蛋白嵌入生物膜” 的功能。
十分的强大。

[ Last edited by superdirac on 2012-12-5 at 08:55 ]

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12楼2012-12-04 17:08:31
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469187892

银虫 (小有名气)


送鲜花一朵
引用回帖:
12楼: Originally posted by superdirac at 2012-12-04 17:08:31
推荐这个 网站。
http://www.charmm-gui.org/
极其的强大。

这个网站是由 编写charmm的课题组所维护。
在上面,可以生成你想要的所有种类的膜。
并且,这个网站还提供“把蛋白嵌入生物膜” 的功能。
十分 ...

谢谢啦
13楼2012-12-05 14:29:08
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简单回复
xiejf4楼
2012-11-30 17:13   回复  
469187892(金币+2): 谢谢参与
hxp28005楼
2012-11-30 17:39   回复  
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紫鸢轩6楼
2012-11-30 17:48   回复  
469187892(金币+2): 谢谢参与
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