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大家用gromacs做膜蛋白有直接从网上下的没?做什么处理了吗?
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银虫
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[交流]
大家用gromacs做膜蛋白有直接从网上下的没?做什么处理了吗?
http://moose.bio.ucalgary.ca/ind ... ures_and_Topologies
大家有用这里面的膜做膜动力学吗?我有一些问题想请教一下:不知道从这里面下载的膜还要做什么处理吗?还是直接用,跑nvt,npt或md没?
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2012-11-30 16:11:51
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superdirac
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469187892(金币+2): 谢谢参与
zh1987hs: 金币+1, 谢谢
2012-12-05 08:12:09
推荐这个 网站。
http://www.charmm-gui.org/
极其的强大。
这个网站是由 编写charmm的课题组所维护。
在上面,可以生成你想要的所有种类的膜。
并且,这个网站还提供“把蛋白嵌入生物膜” 的功能。
十分的强大。
[
Last edited by superdirac on 2012-12-5 at 08:55
]
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12楼
2012-12-04 17:08:31
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jiaoyixiong
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469187892(金币+2): 谢谢参与
小伙儿,多看看文献吧。 我推荐你看篇经典文献《Pressure-Area Isotherm of a Lipid Monolayer from Molecular Dynamics Simulations》
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2楼
2012-11-30 16:37:04
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银虫
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谢谢推荐 已下载 要好好看看 多向你学习
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3楼
2012-11-30 16:55:45
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candery
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469187892(金币+2): 谢谢参与
当然需要做处理,要跑npt的md直到平衡,(膜的厚度和单位lipid面积不变)。
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469187892
7楼
2012-12-03 20:20:15
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