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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 请教gromacs蛋白与小分子相互作用分析
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xueer小雯

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
10楼: Originally posted by xulinan at 2014-03-31 19:08:02
在mdp文件设置的时候一般都是用的umbrella。恕水平有限不能将伞形抽样解释的很清楚，拙见如下，欢迎高手指正。
伞形取样是为了克服你模拟时间太短而导致的取样不足而生的，它能服务于计算PMF。模拟基本都在ns级， ...

您的解释这么清楚！
非常感谢！
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11楼2014-03-31 19:33:21
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hsy123111

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2014-03-26 21:03:04
是这样的，我先做了蛋白与小分子的平衡，而后将小分子从蛋白的活性口袋中拉伸出来。
现在主要想分析整个过程中拉力的变化，看看峰值什么的，
这个可以算 PMF


然后再分析分析氢键作用，这个我知道用g_bond  , ...

您好，抱歉打扰了，有个问题想要问您，我运行完拉伸模拟后想要获得PMF曲线，用了下列命令：g_wham -it pull.tpr -if pullf.xvg -o -hist -unit kJ
然后出现：File input/output error : pull.tpr.dat
这是怎么回事呢？我明明有pull.tpr这个文件，就是拉伸模拟时用的，我之前的步骤是grompp -f pul.mdp -c md02.gro -p new.top -n new.ndx -t md02.cpt -o pull.tpr 然后mdrun -s pull.tpr
应该也没有问题吧？您之前是怎么做的呢？
希望您能教我一下，真的对我很重要啊，非常感谢！！！
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12楼2016-03-08 17:26:02
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hsy123111

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by xulinan at 2014-03-27 03:29:28
楼上说的都是很常用的，如果你是新手只想简单的看力和相互作用能量变化的话建议使用g_traj提取力文件，g_energy提取相互作用能量，g_hbond分析氢键，g_saltbr分析盐桥；PMF可以用g_wham，疏水作用和水桥好像是不能直 ...

您好，抱歉打扰了，有个问题想要问您，我运行完拉伸模拟后想要获得PMF曲线，用了下列命令：g_wham -it pull.tpr -if pullf.xvg -o -hist -unit kJ
然后出现：File input/output error : pull.tpr.dat
这是怎么回事呢？我明明有pull.tpr这个文件，就是拉伸模拟时用的，我之前的步骤是grompp -f pul.mdp -c md02.gro -p new.top -n new.ndx -t md02.cpt -o pull.tpr 然后mdrun -s pull.tpr
应该也没有问题吧？您之前是怎么做的呢？
希望您能教我一下，真的对我很重要啊，非常感谢！！！
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13楼2016-03-08 17:27:14
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