10楼: Originally posted by xulinan at 2014-03-31 19:08:02
在mdp文件设置的时候一般都是用的umbrella。恕水平有限不能将伞形抽样解释的很清楚，拙见如下，欢迎高手指正。
伞形取样是为了克服你模拟时间太短而导致的取样不足而生的，它能服务于计算PMF。模拟基本都在ns级， ...

2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2014-03-26 21:03:04
是这样的，我先做了蛋白与小分子的平衡，而后将小分子从蛋白的活性口袋中拉伸出来。
现在主要想分析整个过程中拉力的变化，看看峰值什么的，
这个可以算 PMF


然后再分析分析氢键作用，这个我知道用g_bond  , ...

4楼: Originally posted by xulinan at 2014-03-27 03:29:28
楼上说的都是很常用的，如果你是新手只想简单的看力和相互作用能量变化的话建议使用g_traj提取力文件，g_energy提取相互作用能量，g_hbond分析氢键，g_saltbr分析盐桥；PMF可以用g_wham，疏水作用和水桥好像是不能直 ...