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xueer小雯金虫 (初入文坛)
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[求助]
请教gromacs蛋白与小分子相互作用分析 已有3人参与
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是这样的，我先做了蛋白与小分子的平衡，而后将小分子从蛋白的活性口袋中拉伸出来。 现在主要想分析整个过程中拉力的变化，看看峰值什么的，这个不知道该用什么命令来执行。 然后再分析分析氢键作用，这个我知道用g_bond。 然后还有疏水作用和水桥，不知道这两个用哪个命令可以执行。 请教大家，请不吝赐教！ 多谢！ |
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您好，抱歉打扰了，有个问题想要问您，我运行完拉伸模拟后想要获得PMF曲线，用了下列命令：g_wham -it pull.tpr -if pullf.xvg -o -hist -unit kJ 然后出现：File input/output error : pull.tpr.dat 这是怎么回事呢？我明明有pull.tpr这个文件，就是拉伸模拟时用的，我之前的步骤是grompp -f pul.mdp -c md02.gro -p new.top -n new.ndx -t md02.cpt -o pull.tpr 然后mdrun -s pull.tpr 应该也没有问题吧？您之前是怎么做的呢？ 希望您能教我一下，真的对我很重要啊，非常感谢！！！ |
13楼2016-03-08 17:27:14
2楼2014-03-26 21:03:04
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月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-27 21:35:46
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3楼2014-03-26 21:57:42
xulinan
木虫 (小有名气)
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【答案】应助回帖
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| 楼上说的都是很常用的，如果你是新手只想简单的看力和相互作用能量变化的话建议使用g_traj提取力文件，g_energy提取相互作用能量，g_hbond分析氢键，g_saltbr分析盐桥；PMF可以用g_wham，疏水作用和水桥好像是不能直接分析的，需要借助其他软件，水桥你要是用g_hbond自己计算就麻烦了。当然你还可以辅助一些比如距离g_dist等分析峰值，有些文章是用力、距离和能量共同确定峰值的。 |
4楼2014-03-27 03:29:28