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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 请教gromacs蛋白与小分子相互作用分析
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xueer小雯

金虫 (初入文坛)

[求助] 请教gromacs蛋白与小分子相互作用分析已有3人参与

是这样的，我先做了蛋白与小分子的平衡，而后将小分子从蛋白的活性口袋中拉伸出来。
现在主要想分析整个过程中拉力的变化，看看峰值什么的，这个不知道该用什么命令来执行。
然后再分析分析氢键作用，这个我知道用g_bond。
然后还有疏水作用和水桥，不知道这两个用哪个命令可以执行。
请教大家，请不吝赐教！
多谢！
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1楼2014-03-26 20:51:12
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smutao

禁虫 (著名写手)
★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-27 21:35:46
本帖内容被屏蔽
3楼2014-03-26 21:57:42
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查看全部 13 个回答

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2014-03-27 21:35:39
xueer小雯: 金币+10, ★有帮助 2014-03-31 10:04:44
是这样的，我先做了蛋白与小分子的平衡，而后将小分子从蛋白的活性口袋中拉伸出来。
现在主要想分析整个过程中拉力的变化，看看峰值什么的，
这个可以算 PMF


然后再分析分析氢键作用，这个我知道用g_bond  ,貌似不是g_bond， 是g_hbond
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2楼2014-03-26 21:03:04
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xulinan

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2014-03-27 21:38:00
xueer小雯: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2014-03-31 10:05:22
楼上说的都是很常用的，如果你是新手只想简单的看力和相互作用能量变化的话建议使用g_traj提取力文件，g_energy提取相互作用能量，g_hbond分析氢键，g_saltbr分析盐桥；PMF可以用g_wham，疏水作用和水桥好像是不能直接分析的，需要借助其他软件，水桥你要是用g_hbond自己计算就麻烦了。当然你还可以辅助一些比如距离g_dist等分析峰值，有些文章是用力、距离和能量共同确定峰值的。
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4楼2014-03-27 03:29:28
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xueer小雯

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2014-03-26 21:03:04
是这样的，我先做了蛋白与小分子的平衡，而后将小分子从蛋白的活性口袋中拉伸出来。
现在主要想分析整个过程中拉力的变化，看看峰值什么的，
这个可以算 PMF


然后再分析分析氢键作用，这个我知道用g_bond  , ...

谢谢，但是如果我没有像教程里一样提取出很多时间的构象然后再重新跑的话，是不是就没法计算PMF啊。
我只是用pull.mdp生成了一个tpr然后拉伸就结束了。
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5楼2014-03-28 15:16:36
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