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xueer小雯金虫 (初入文坛)
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[求助]
请教gromacs蛋白与小分子相互作用分析已有3人参与
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是这样的，我先做了蛋白与小分子的平衡，而后将小分子从蛋白的活性口袋中拉伸出来。 现在主要想分析整个过程中拉力的变化，看看峰值什么的，这个不知道该用什么命令来执行。 然后再分析分析氢键作用，这个我知道用g_bond。 然后还有疏水作用和水桥，不知道这两个用哪个命令可以执行。 请教大家，请不吝赐教！ 多谢！ |
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 gromacs | xuexijisuan | 药物化学 | gromacs |
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12楼2016-03-08 17:26:02
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您好，抱歉打扰了，有个问题想要问您，我运行完拉伸模拟后想要获得PMF曲线，用了下列命令：g_wham -it pull.tpr -if pullf.xvg -o -hist -unit kJ 然后出现：File input/output error : pull.tpr.dat 这是怎么回事呢？我明明有pull.tpr这个文件，就是拉伸模拟时用的，我之前的步骤是grompp -f pul.mdp -c md02.gro -p new.top -n new.ndx -t md02.cpt -o pull.tpr 然后mdrun -s pull.tpr 应该也没有问题吧？您之前是怎么做的呢？ 希望您能教我一下，真的对我很重要啊，非常感谢！！！ |
13楼2016-03-08 17:27:14