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136zhangpong新虫 (小有名气)
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[求助]
蛋白之间相互作用的残基及作用力 已有1人参与
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| 我用DOT2作了两个相同小蛋白分子对接，用ACE截断值6，取了前200个构象，用Pymol看了，发现有一些明显的簇，现在我要分析各个明显优势结构中相互作用的残基，主要是由什么静态作用力（范德华力，氢键之类的）。这个应该从何入手；我也是作动力学模拟的，对接软件用的是DOT2,MD模拟用的是amber，现在才出对接结果，动力学模拟还没开始，导师让我先对对接结果作深入的研究，主要看看它们之间相互作用的残基和静态作用力。大家有什么好的方法，希望不吝赐教。 |
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2楼2014-03-17 19:09:19
136zhangpong
新虫 (小有名气)
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4楼2014-03-19 19:18:41
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