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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 请问如何用amber进行π-π相互作用的分析
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syd89522

木虫 (小有名气)

[求助] 请问如何用amber进行π-π相互作用的分析 已有4人参与

我想计算色氨酸和苯丙氨酸之间的π-π相互作用，请问这类作用的判据有哪些？需要用什么命令？如何来编写脚本文件呢？
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syd89522

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走自己的路，让别人说去吧~不以物喜，不以己悲
1楼 2013-12-11 16:53:09
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denny_2016

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 感谢指导 2014-01-12 09:21:05
syd89522(月只蓝代发): 金币+2, 鼓励交流！ 2014-05-31 21:35:37
你考虑用经典力场来进行pi-pi堆积的计算，这个出发点就错了
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2楼2014-01-08 20:09:34
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syd89522

木虫 (小有名气)
送红花一朵
我用其他的方法试试吧，谢谢！
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走自己的路，让别人说去吧~不以物喜，不以己悲
3楼2014-01-09 10:58:52
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polypro

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-01-09 19:29:56
syd89522: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-01-13 08:22:26
syd89522(月只蓝代发): 金币+2, 鼓励交流！ 2014-05-31 21:35:47
台湾大学的黃慶怡教授有做方面的研究，pi-pi的计算不是很简单的。
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泉涸,鱼相与处于陆,相呴以湿,相濡以沫,不如相忘于江湖。
4楼2014-01-09 14:52:34
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-12 09:21:34
syd89522: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-01-13 08:22:47
syd89522(月只蓝代发): 金币+2, 鼓励交流！ 2014-05-31 21:35:53
经典力场也是考虑了pi-pi作用的，具体怎么分析要看体系

比如判断两个平面基团之间的夹角

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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5楼2014-01-09 22:06:06
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倩430

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-12 09:22:10
syd89522: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-01-13 08:23:00
一般派派的形成，是要考虑平面间的距离和平面间的夹角的，完整正平行的情况是很少见的，大多数都是slapped的。说的不对请指正。
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6楼2014-01-10 08:53:57
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ningll10

新虫 (小有名气)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-12 09:22:27
我之前是这样做的，第一，做出两个残基的RDF，就是径向分布，看他们之间的距离，然后把苯环之间的面面角给算出来，做一个分布，看看是不是平行或反平行为主
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7楼2014-01-10 10:38:26
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caixin5120

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-12 09:22:44
syd89522: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-01-13 08:23:44
MD不能解决这样的问题，如果非要计算，则使用量化计算。
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8楼2014-01-11 19:45:56
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