应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 请问如何用amber进行π-π相互作用的分析
81/1返回列表
查看: 1514  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

syd89522

木虫 (小有名气)

[求助] 请问如何用amber进行π-π相互作用的分析 已有4人参与

我想计算色氨酸和苯丙氨酸之间的π-π相互作用，请问这类作用的判据有哪些？需要用什么命令？如何来编写脚本文件呢？
回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

syd89522

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
走自己的路，让别人说去吧~不以物喜，不以己悲
1楼 2013-12-11 16:53:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

denny_2016

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 感谢指导 2014-01-12 09:21:05
syd89522(月只蓝代发): 金币+2, 鼓励交流！ 2014-05-31 21:35:37
你考虑用经典力场来进行pi-pi堆积的计算，这个出发点就错了
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2014-01-08 20:09:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

syd89522

木虫 (小有名气)
送红花一朵
我用其他的方法试试吧，谢谢！
赞一下 回复此楼
走自己的路，让别人说去吧~不以物喜，不以己悲
3楼2014-01-09 10:58:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

polypro

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-01-09 19:29:56
syd89522: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-01-13 08:22:26
syd89522(月只蓝代发): 金币+2, 鼓励交流！ 2014-05-31 21:35:47
台湾大学的黃慶怡教授有做方面的研究，pi-pi的计算不是很简单的。
赞一下 回复此楼
泉涸,鱼相与处于陆,相呴以湿,相濡以沫,不如相忘于江湖。
4楼2014-01-09 14:52:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-12 09:21:34
syd89522: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-01-13 08:22:47
syd89522(月只蓝代发): 金币+2, 鼓励交流！ 2014-05-31 21:35:53
经典力场也是考虑了pi-pi作用的，具体怎么分析要看体系

比如判断两个平面基团之间的夹角

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼
5楼2014-01-09 22:06:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

倩430

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-12 09:22:10
syd89522: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-01-13 08:23:00
一般派派的形成，是要考虑平面间的距离和平面间的夹角的，完整正平行的情况是很少见的，大多数都是slapped的。说的不对请指正。
赞一下 回复此楼
6楼2014-01-10 08:53:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ningll10

新虫 (小有名气)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-12 09:22:27
我之前是这样做的，第一，做出两个残基的RDF，就是径向分布，看他们之间的距离，然后把苯环之间的面面角给算出来，做一个分布，看看是不是平行或反平行为主
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2014-01-10 10:38:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caixin5120

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-12 09:22:44
syd89522: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-01-13 08:23:44
MD不能解决这样的问题，如果非要计算，则使用量化计算。
赞一下 回复此楼
8楼2014-01-11 19:45:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 syd89522 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭